如何可视化生成的RNA二级结构

Question

我正在研究一种可视化RNA二级结构的工具,为此我已经实现了Nussinov算法,该算法生成RNA二级结构作为列表,带有相应的索引,代码可以在这里找到[0]

[0] http://dpaste.com/596262/

但我真的坚持理解我应该如何将其可视化(作为平面图),上面的代码给出了二级结构的顺序列表,所以有人可以建议我如何可视化结构.这样的一个例子工具可以在这里找到[1]

[1] http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi

而且我知道有更好的算法但是现在我只想用这个可视化,一旦我理解了可视化,我会寻求更好的算法.

Answer 1

您可以使用 jmol 来做到这一点。Jmol 允许您使用其 java 或者我相信它的 javascript api 向坐标空间添加任意键/原子。

当然，一般来说，此类数据将使用 PDB 文件格式。