当我从Perl调用它时,为什么我的awk单线程工作不起作用？

Question

我使用以下AWK命令作为独立命令没有任何问题,没有任何错误:

$ awk '$9 != "NTM" && $9 != ""' myfile.txt  | less -Sn

但是当我在Perl的脚本中为qsub(即在linux集群中运行作业)命令应用它们时,如下所示:

use strict;
use Data::Dumper;
use Carp;
use File::Basename;

my $path = "/mypath/"; 
my @files = glob($path."*.txt");

foreach my $file ( @files ) {
print "$file\n";
    wy $base = basename($file,".fc-gn_".$type);
    my $nn = $path.$base.".out";

print "$file $nn\n";

    open PIPE, "| qsub" or die $!; 
    print PIPE <<EOF;
#!/bin/sh 
#PBS -N CLEAN
#PBS -l nodes=1:ppn=2 
#PBS -r n 

awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn


EOF

}   

它给出了以下错误

awk: cmd. line:1:  != "NTM" &&  !=""
awk: cmd. line:1:  ^ syntax error

什么是正确的方法呢？

Answer 1

"\"在所有"$9"变量之前放置一个字符将修复它.他们正在被Perl解析.

以下脚本:

print <<EOF;
awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn
EOF

输出:

awk ' != "NTM" &&  !=""'  >

但:

print <<EOF;
awk '\$9 != "NTM" && \$9 !=""' \$file > \$nn
EOF

输出:

awk '$9 != "NTM" && $9 !=""' $file > $nn

但是,既然你想要$file和$nn被Perl解释,实际的行应该是:

awk '\$9 != "NTM" && \$9 !=""' $file > $nn