假设我有:
x1 = [1, 3, 2, 4]
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和:
x2 = [0, 1, 1, 0]
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具有相同的形状
现在我想“将 x2 放在 x1 的顶部”并将 x1 的所有数字与 x2 的数字相加
所以最终结果是:
end = [1+4 ,3+2] # end[0] is the sum of all numbers of x1 where a 0 was in x2
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这是使用列表进一步澄清问题的幼稚实现
x1 = [1, 3, 2, 4]
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所以我的问题是:有没有办法在 numpy 中实现这个而不使用循环或者通常更快?
在此特定实例(并且,在一般情况下,对unique,duplicated和groupby类型的操作),pandas是比纯更快numpy溶液:
一种pandas方法,使用Series(信用:与@mcsoini 的回答非常相似):
def pd_group_sum(x1, x2):
return pd.Series(x1, index=x2).groupby(x2).sum()
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一种纯粹的numpy方式,使用np.unique和一些花哨的索引:
def np_group_sum(a, groups):
_, ix, rix = np.unique(groups, return_index=True, return_inverse=True)
return np.where(np.arange(len(ix))[:, None] == rix, a, 0).sum(axis=1)
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注意:更好的纯粹numpy方式受到@Woodford's answer 的启发:
def selsum(a, g, e):
return a[g==e].sum()
vselsum = np.vectorize(selsum, signature='(n),(n),()->()')
def np_group_sum2(a, groups):
return vselsum(a, groups, np.unique(groups))
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另一种纯粹的numpy方式受到@mapf 关于使用argsort(). 这本身已经需要 45 毫秒,但我们可以尝试基于它的一些东西np.argpartition(x2, len(x2)-1),因为在下面的基准测试中它本身只需要 7.5 毫秒:
def np_group_sum3(a, groups):
ix = np.argpartition(groups, len(groups)-1)
ends = np.nonzero(np.diff(np.r_[groups[ix], groups.max() + 1]))[0]
return np.diff(np.r_[0, a[ix].cumsum()[ends]])
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(略有修改)示例
x1 = np.array([1, 3, 2, 4, 8]) # I added a group for sake of generality
x2 = np.array([0, 1, 1, 0, 7])
>>> pd_group_sum(x1, x2)
0 5
1 5
7 8
>>> np_group_sum(x1, x2) # and all the np_group_sum() variants
array([5, 5, 8])
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速度
n = 1_000_000
x1 = np.random.randint(0, 20, n)
x2 = np.random.randint(0, 20, n)
%timeit pd_group_sum(x1, x2)
# 13.9 ms ± 65.6 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)
%timeit np_group_sum(x1, x2)
# 171 ms ± 129 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)
%timeit np_group_sum2(x1, x2)
# 66.7 ms ± 19.4 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)
%timeit np_group_sum3(x1, x2)
# 25.6 ms ± 41.3 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)
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通过 pandas 更快,部分原因是numpy 问题 11136。
>>> x1 = np.array([1, 3, 2, 7])
>>> x2 = np.array([0, 1, 1, 0])
>>> for index in np.unique(x2):
>>> print(f'{index}: {x1[x2==index].sum()}')
0: 8
1: 5
>>> # or in one line
>>> [(index, x1[x2==index].sum()) for index in np.unique(x2)]
[(0, 8), (1, 5)]
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