椭圆包含R中给定点的百分比

Question

我正在绘制F1/F2元音图(这里有一个例子).每个元音都有几个点/值,我想在点周围绘制一个椭圆,这样:

• 椭圆覆盖至少80%的点(即在"i"上方的图片中有几个值,但它们包含在椭圆内).
• 位于最小/最大值的方向上.

我可能会让事情复杂化,但三角学和数学对我来说是希腊语.以下是我尝试过的.

Ellipsoidhull()

Ellipsoidhull()在包"cluster"中.如果我将具有F1和F2的矩阵传递给函数,它似乎计算椭圆的中心,但方向值很大.例如:

> olm
      ol.f1 ol.f2 # f1/f2 data
 [1,] 501.3 850.5
 [2,] 488.5 906.5
 [3,] 456.3 857.0
 [4,] 505.8 895.3
 [5,] 499.5 898.0
 [6,] 431.8 891.5
 [7,] 416.3 870.5
 [8,] 506.0 887.8
 [9,] 500.3 985.8
[10,] 513.5 955.3
[11,] 531.5 958.0
[12,] 483.0 847.3
[13,] 533.3 982.8
[14,] 480.8 881.8
[15,] 484.3 884.5

如果传递给ellipsoidhull:

> ellipsoidhull(olm)
'ellipsoid' in 2 dimensions:
 center = ( 480.69 904.33 ); squared ave.radius d^2 =  2 
 and shape matrix =
       ol.f1  ol.f2
ol.f1 2115.5 1449.5
ol.f2 1449.5 3558.2
  hence, area  =  14636 

我想要弄清楚如何绘制椭圆并不难,但"形状矩阵"(最大/最小半径值？)太高了.顺便说一句,感谢Freednode上的#R提示.

来自EMU-R的源代码

然后,我看了一下与EMU一起使用的EMU-R,R包的代码,其中包括用椭球绘制F1/F2.似乎这样做的代码在这里,但我不明白椭圆是如何绘制的.

任何帮助赞赏.

Answer 1

require(car)
 x=rnorm(100)
 y=1+.3*x+.3*rnorm(100)
 dataEllipse(x,y, levels=0.80)

所以你的数据:

with(olm ,dataEllipse(ol.f1, ol.f2, levels=0.8) )

另一个包mixtools具有类似的功能,但使用alpha级而不是1-alpha:

 mu <- with(olm, c(mean(ol.f1), mean(ol.f2)) )
 sigma <- var(olm)  # returns a variance-covariance matrix.
 sigma
#          ol.f1     ol.f2
#ol.f1 1077.2098  865.9306
#ol.f2  865.9306 2090.2021

require(mixtools)
#Loading required package: mixtools
#Loading required package: boot
# And you get a warning that ellipse from car is masked.

ellipse(mu, sigma, alpha=0.2, npoints = 200, newplot = FALSE)

这将使用新估计覆盖早期的情节(在这种情况下略微变窄).