多个 Dockerfile 的一个 R 包文件

Question

我已经构建了两个Docker 镜像，一个是我的rstudio镜像，另一个是运行我的 cronjobs（R 脚本）的cron镜像。 我正在构建其他图像（Shiny 等），它们需要与 cron 图像和 rstudio 图像完全相同的 R 包。 所以我想要一个文件，我可以在其中列出不同图像所需的所有 R 包。我的文件夹的结构如下：

??? cron
?   ??? crontab
?   ??? Dockerfile
??? rstudio
?   ??? Dockerfile
??? r_packages.txt

例如，对于我的rstudio映像的Dockerfile，我尝试了以下操作：

FROM rocker/tidyverse:3.6.1

## Create directories
RUN mkdir -p /rstudio
RUN mkdir -p /rscripts

RUN cat /home/ec2-user/r_packages.txt

r_packages.txt的内容如下：

R -e "install.packages(c('writexl','readxl','rjson','httr','rvest','DBI','RPostgres','stringr','xlsx','knitr','kableExtra','devtools','RSelenium'))"

但我收到以下错误：

cat: /home/ec2-user/r_packages.txt: 没有那个文件或目录

因为我认为r_packages.txt应该与我的rstudio Dockerfile位于同一目录中，但我希望我的 r_packages 可用于我的所有图像，我该如何实现？

Answer 1

您需要从项目目录运行构建命令，而不是 Dockerfile 所在的目录。原因是 Docker 使用了上下文的概念，类似于工作目录。Docker 构建器无法访问上下文目录之外（上方）的文件，但它可以向下查看子目录。当您使用 Dockerfile 更改目录的上下文时，您必须指定要使用的 Dockerfile。例如，要构建 cron 映像，您必须运行：

docker build -t cron_image_tag -f cron/Dockerfile /directory/with/r_packages.txt

要修复该cat: /home/ec2-user/r_packages.txt: No such file or directory错误，您还必须做一件事。当您使用 时RUN，您可以在构建容器内运行该命令。除非您显式添加该文件，否则容器不会包含r_packages.txt该文件。将您的 Dockerfile 更改为此以解决此问题：

FROM rocker/tidyverse:3.6.1

COPY r_packages.txt /r_packages.txt
RUN cat /r_packages.txt