Xarray combine_by_coords 返回单调全局索引错误

Question

我正在尝试使用 combine_by_coords 组合两个空间 xarray 数据集。这两个数据集是彼此相邻的两个图块。所以有重叠的坐标。在重叠区域中，其中一个数据集的变量值为 nan。

我使用了带有 compat='no_conflicts' 选项的“combine_by_coords”。但是，它返回沿维度 y错误的单调全局索引。看起来它以前是一个问题，但已修复（此处）。所以我真的不知道为什么我会收到这个错误。这是一个示例（netcdf 磁贴在这里）：

import xarray as xr

print(xr.__version__)
>>>0.15.1

ds1=xr.open_dataset('Tile1.nc')
ds2=xr.open_dataset('Tile2.nc')
ds = xr.combine_by_coords([ds1,ds2], compat='no_conflicts')
>>>...
 ValueError: Resulting object does not have monotonic global indexes along dimension y

谢谢

Answer 1

这不是错误，它抛出了根据您的输入应该抛出的错误。但是我可以看到文档并没有很清楚为什么会发生这种情况！

combine_by_coords并combine_nested做两件事：它们连接（使用xr.concat），它们合并（使用xr.merge）。merge将相同大小的变量分组，concat将不同大小的变量连接到彼此的末端。连接步骤永远不应该处理部分重叠的坐标，combine因此函数具有相同的限制。

这个错误是明确拒绝你给它的输入：“你给了我重叠的坐标，我不知道如何连接这些，所以我会拒绝它们。” 通常这是有道理的 - 当重叠坐标不是 NaN 时，选择哪个值是不明确的。

在你的情况，然后你问它在文档中有关合并重叠的坐标进行定义良好的操作，并且讨论在这里意味着compat='no_conflicts'会处理这种情况。不幸的是，这仅适用于xr.merge，不适用于，xr.concat因此它不适用于combine_by_coords任何一种。这绝对是令人困惑的。

这也许可以概括出combine函数来处理你描述（其中坐标的重叠部分由非NaN值完全指定）的情况。如果您想看到它，请打开一个建议此功能的问题。

（问题#3150是关于其他事情，处理“在每个数据集之间没有变化的坐标维度”的实际错误。）

相反，您需要先剪掉重叠部分。这应该不难 - 大概您知道（或可以确定）您的重叠有多大，并且您的所有 NaN 都在一个数据集上。您只需要使用.isel()带有切片的方法。一旦你摆脱了重叠的 NaN，那么你应该能够很好地组合它（并且你不需要指定compat任何一个）。如果你使用combine_by_coords像打开了许多文件的一部分，open_mfdataset那么它可能是更容易编写其应用首先使用剪裁函数preprocess参数open_mfdataset。