代码以交互方式工作，但在编织时不工作

Question

我有一个 RMarkdown 文档，其中包含一些 R 代码。当我在控制台中以交互方式运行代码时，代码运行良好。但是，当我尝试编织文档（使用 RStudio 中的“编织”按钮）时，R 会抛出错误消息，指出无法找到某些对象。

Answer 1

当您编译文档（使用 RStudio 中的“knit”按钮）时，编织发生在单独的 R session 中。因此，您的文档必须是自包含的：

1. 编织时，交互式会话的全局环境中的对象不可用。您必须从文档中创建/加载所有对象。
2. 您必须加载文档中使用的所有包。

另请注意，在编织时，您的工作目录会更改为包含文档的目录（默认情况下）。因此，相对路径（例如，您要读取的数据集的路径）可能不会指向预期的文件。