在Windows R中使用openmp,rtools支持openmp吗？

Question

尝试在c ++代码中使用openmp在Windows 7上构建我的R包时,我收到了很多错误消息:

c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(parallel.o):(.text+0x19): undefined      reference to `_imp__pthread_getspecific'
c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(parallel.o):(.text+0x7a): undefined reference to `_imp__pthread_mutex_lock'
c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(env.o):(.text+0x510): undefined reference to `_imp__pthread_mutex_init'

...

Rtools不支持openmp吗？有谁知道如何在Windows R包中使用openmp吗？

Answer 1

2015年,在Windows下Rtools提供openmp支持,可以很好地使用Rcppp.这是一个squares为数字向量创建函数的简单示例:

// src/example.cpp

#include <Rcpp.h>
#include <omp.h>
// [[Rcpp::plugins(openmp)]]]

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::NumericVector squares (Rcpp::NumericVector data)
{
  Rcpp::NumericVector result(data.size());
  #pragma omp parallel
  {
    Rcpp::Rcout << omp_get_num_threads() << std::endl;
    for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
      result[i] = data[i] * data[i];
    }

  }
  return result;
}

我们还需要src/Makevars.win使用openmp编译标志进行创建.在此示例中,示例src/Makevars将在linux上运行:

# src/Makevars.win

PKG_CXXFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)

Answer 2

不，根据R-devel 邮件列表上的讨论。它也出现在Rcpp-devel 列表中。

R本身在Windows上不使用OpenMP，因此Rtools中不支持。在其他操作系统上，R 当然也支持 OpenMP。