R xlsx 包无法使用

Question

我的 R Studio 版本是 4.0。我安装了 xlsx 包，但是当我需要使用它时，出现错误：

library(xlsx)
Unable to find any JVMs matching version "(null)".
No Java runtime present, try --request to install.
Error: package or namespace load failed for ‘xlsx’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: JVM could not be found
In addition: Warning messages:
1: In system("/usr/libexec/java_home", intern = TRUE) :
  running command '/usr/libexec/java_home' had status 1
2: In fun(libname, pkgname) :
  Cannot find JVM library 'NA/lib/server/libjvm.dylib'
Install Java and/or check JAVA_HOME (if in doubt, do NOT set it, it will be detected)

所以根据this note，我安装了'rJava'并想首先加载这个包，但我仍然收到错误：

library(rJava)
Unable to find any JVMs matching version "(null)".
No Java runtime present, try --request to install.
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: JVM could not be found
In addition: Warning messages:
1: In system("/usr/libexec/java_home", intern = TRUE) :
  running command '/usr/libexec/java_home' had status 1
2: In fun(libname, pkgname) :
  Cannot find JVM library 'NA/lib/server/libjvm.dylib'
Install Java and/or check JAVA_HOME (if in doubt, do NOT set it, it will be detected)

有人能给我一些关于如何加载“xlsx”和“rJava”包的建议吗？谢谢你。

Answer 1

该xlsx包依赖于rJava包，它需要Java运行时环境（JRE）的有效安装。在安装rJava软件包之前，必须安装 Java 运行时环境 (JRE)。安装 JRE 的过程因操作系统而异，由于 Oracle从 2019 年开始对 Java的许可要求进行了更改，因此使此过程变得更加困难。

如何判断是否安装了 JRE？

正如对该问题的评论所述，可以使用命令行验证安装在机器上的 Java 运行时的版本java -version。确认 Java 运行时可从 R/RStudio 访问也很重要。我们可以通过system()在 RStudio 中执行函数来做到这一点，也如问题的评论中所述。

> system("java -version")
java version "1.8.0_251"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_251-b08)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.251-b08, mixed mode)
[1] 0
> 

将 Excel 文件读入 R

有两种不同的方法可以解决这个问题。以下是我在 2017 年为约翰霍普金斯大学数据科学专业获取和清理数据课程常见问题：Java 和 xlsx 包编写的有关此主题的说明摘要。

解决方案 1：使用不需要 Java 的 Excel 阅读器包

专业提示：解决此问题的最简单方法是使用不依赖于 Java 的 R 包，例如openxlsx或readxl。

对于openxlsx，这很容易。

  install.packages("openxlsx")
  library(openxlsx)
  # read the help file to identify the arguments needed to 
  # correctly read the file
  ?openxlsx
  theData <- read.xlsx(...)

相同的过程可用于readxl.

  install.packages("readxl")
  library(readxl)
  # read the help file to identify the arguments needed to 
  # correctly read the file 
  ?readxl
  theData <- read_excel(...)

请注意，有一个补充包 ，writexl使人们能够编写 Excel 文件。

解决方案 2：安装 Java 和所需的 R 包

也就是说，对于想要使用该xlsx包处理 Excel 文件的人来说，有适用于 Windows、Mac OSX 和 Ubuntu Linux 的可行解决方案。

解决方案 (Windows)：从 Oracle下载并安装最新版本的Java 运行时环境。请注意，如果您运行的是 64 位版本的 R，则需要安装 64 位版本的 Java Runtime。

解决方案 (Mac OSX)：从Mac OSX的新版本开始，这变得更加复杂。在计算机上安装Java 开发工具包后，需要遵循一组特定的命令。这些记录在rJava 问题 86 github 页面上。我已经包含了此解决方案的屏幕截图，供人们直接参考。

解决方案 (Ubuntu)：使用 Ubuntu 高级打包工具安装 Java，然后在 R 中重新配置 Java。

  sudo apt-get install openjdk-8-jdk # openjdk-9-jdk has some installation issues
  sudo R CMD javareconf

然后在 R/RStudio 中安装xlsx包。

  install.packages("xlsx")

Windows 中的 32 位与 64 位 Java

人们可能会遇到的另一个常见问题是，他们计算机上安装的 Java 运行时环境版本与 R 版本（32 位或 64 位）之间不兼容。

例如，如果安装了 64 位版本的 R 但安装了 32 位版本的 Java 运行时环境，R 将无法看到 Java 运行时环境，生成与上述相同的“Java 未安装错误” .

解决方案：可以通过安装 64 位版本的 Java Runtime for Windows或更改 RStudio 配置以使用 32 位版本的 R来解决此问题。