使用 rpy2 加载 R 包时 R 内核崩溃

Question

首先，我\xe2\x80\x99m是rpy2 / jupyter的新手，所以请不要\xe2\x80\x99判断我这是否是\xe2\x80\x99t提问的正确位置。

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我正在尝试使用 R 和 Python 建立一个用于数据分析的集成工作流程，但遇到以下错误：

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我使用的是 Ubuntu 19.04。使用 Jupyter 1.0.0、Python 3.7.4、R 3.5.1、r-irkernel 1.0.2 和 rpy2 3.1.0 运行 conda 环境，并通过 R 安装了 R 包 Seurat。

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当我使用 R 内核创建 Jupyter 笔记本时，我可以library(Seurat)很好地加载 Seurat。

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我还可以使用 rpy2 和 rmagic 在 python 中使用 R 代码，例如：

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%load_ext rpy2.ipython\n

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%%R\ndata(allen, package = \'scRNAseq\')\nadata_allen <- as(allen, \'SingleCellExperiment\')\n

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然而，当我尝试使用 rpy2 加载 Seurat 时，内核崩溃了：

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%%R\nlibrary(Seurat)\n

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我收到以下消息：

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内核正在重新启动
\n 内核似乎已死亡。它将自动重新启动

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Jupyter 在命令行中给出以下消息：

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%%R\ndata(allen, package = \'scRNAseq\')\nadata_allen <- as(allen, \'SingleCellExperiment\')\n

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请注意，其他库（例如library(dplyr)load）使用 rpy2 就可以了。

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我完整的 conda 环境可以在附加的文本文件中找到。

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我只能\xe2\x80\x99t 似乎找出导致问题的原因。有没有办法从 Jupyter 获取更详细的错误消息？

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我们将非常感谢您的帮助！

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问候菲利克斯

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Answer 1

**这是对原始答案的编辑 - 段错误不应再发生。**

R 包Seurat使用另一个名为 的 R 包reticulate，提供从 R 到 Python 的桥梁。

rpy2 端的 cffi 释放 Python GIL 的问题，以及网状端无法确保获取 GIL 的问题导致了长时间的段错误。但是，当前（2023）版本的 rpy2 和 reticulate 应该可以协同工作。