为什么 git 提交的文件不在我的暂存区域？

Question

我选择了一些带有git add. 我用以下方法验证它们git status：

$ git status
On branch master
Your branch is up to date with 'origin/master'.

Changes to be committed:
  (use "git restore --staged <file>..." to unstage)
    modified:   Module2/test/user/UserIT.java
    modified:   Module2/pom.xml

如果我检查git diff --cached，我会看到正确的内容。但是然后，我用： 提交git commit -m"My message"，当我用 查看我的提交时git log -p -1，我看到：

commit fdfeb44fd6fa31e3495064c06777ef4587d3c76f (HEAD -> master)
Author: Orto <Orto@abc.com>
Date:   Tue Sep 24 08:34:10 2019 +0200

    My message

Module2/test/user/UserIT.java
Module2/pom.xml
someOtherUnrelatedFiles1
someOtherUnrelatedFiles2

我不明白为什么someOtherUnrelatedFiles1会someOtherUnrelatedFiles2在这里？

我在 macOS 10.14.6 上使用 git 2.23.0，并且我在.git/hooks.

==更新1

为了回答评论中的问题，以下是输出git whatchanged：

commit fdfeb44fd6fa31e3495064c06777ef4587d3c76f (HEAD -> master)
Author: Orto <Orto@abc.com>
Date:   Tue Sep 24 08:34:10 2019 +0200

    My message

:100644 100644 ed1a9bc0e 8240442a5 M    Module2/test/user/UserIT.java
:000000 100644 000000000 6845f28c4 A    Module2/pom.xml
:000000 100644 000000000 c95652dfa A    someOtherUnrelatedFiles1/test/resources/import/all.json
:000000 100644 000000000 926bfc1f9 A    someOtherUnrelatedFiles2/test/resources/import/ckan.json

==更新2

我的~/.gitconfig

    [push]
        default = simple
    [color]
        ui = auto
    [user]
        name = Orto
        email = Orto@abc.com

我的.git/config

[core]
    repositoryformatversion = 0
    filemode = true
    bare = false
    logallrefupdates = true
    ignorecase = true
    precomposeunicode = true
[remote "origin"]
    url = git@mygit.com:myproj/proj.git
    fetch = +refs/heads/*:refs/remotes/origin/*
[branch "master"]
    remote = origin
    merge = refs/heads/master

==更新3==

如果我将存储库克隆到另一个位置，它可以解决问题，但我更喜欢修复现有存储库以保留未推送的分支。

==更新4==

我跑过：

git stash clear
git remote prune origin
git reflog expire --expire=now --all
git gc --aggressive --prune=now

这一点没有帮助。问题可能来自以下事实：相应的 Gitlab 项目已被移动并已重命名为 ，Project-Abc并且project-abc我的文件系统不区分大小写（macOS）。这只是一个假设。