如何在 Docker 容器中运行 R Shiny 应用程序

Question

我为 R Shiny 应用程序构建了 Docker 映像，并在 Windows 10 Home 上使用 Docker Toolbox 运行了相应的容器。当尝试使用网络浏览器打开应用程序时，仅显示索引。我不知道为什么应用程序没有执行。

日志向我展示了这一点：

*** warning - no files are being watched ***
[2019-08-12T15:34:42.688] [INFO] shiny-server - Shiny Server v1.5.12.1 (Node.js v10.15.3)
[2019-08-12T15:34:42.704] [INFO] shiny-server - Using config file "/etc/shiny-server/shiny-server.conf"
[2019-08-12T15:34:43.100] [INFO] shiny-server - Starting listener on http://[::]:3838

我已经通过执行以下引用 docker hub 映像的命令来指定应用程序主机到容器的路径：

docker run --rm -p 3838:3838 -v /C/Docker/App/:/srv/shinyserver/ -v /C/Docker/shinylog:/var/log/shiny-server/  didsh123/ps_app:heatmap

我的 Docker 文件如下所示：

# get shiny serves plus tidyverse packages image
FROM rocker/shiny-verse:latest

# system libraries of general use
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    sudo \
    pandoc \
    pandoc-citeproc \
    libcurl4-gnutls-dev \
    libcairo2-dev \
    libxt-dev \
    libssl-dev \
    libssh2-1-dev

##Install R packages that are required--> were already succesfull
RUN R -e "install.packages(c('shinydashboard','shiny', 'plotly', 'dplyr', 'magrittr'))"

#Heatmap related packages
RUN R -e "install.packages('gpclib', type='source')"
RUN R -e "install.packages('rgeos', type='source')"
RUN R -e "install.packages('rgdal', type='source')"

# copy app to image
COPY ./App /srv/shiny-server/App

# add .conf file to image/container to preserve log file
COPY ./shiny-server.conf  /etc/shiny-server/shiny-server.conf


##When run image and create a container, this container will listen on port 3838
EXPOSE 3838

###Avoiding running as root --> run container as user instead
# allow permission
RUN sudo chown -R shiny:shiny /srv/shiny-server
# execute in the following as user --> imortant to give permission before that step
USER shiny

##run app
CMD ["/usr/bin/shiny-server.sh"]

因此，当我在浏览器中寻址 docker ip 和评估的端口时，应用程序应该在那里运行，但只显示索引。我使用以下行：

http://192.168.99.100:3838/App/

我很高兴收到每一个提示或建议。我是 Docker 新手，所以我也很高兴获得详细的解释。

Answer 1

要在 docker 中使用闪亮，我建议您使用golem包。golem 提供了一个用于构建闪亮应用程序的框架。如果你有一个根据他们的框架开发的应用程序，该功能golem::add_dockerfile()可以用于自动创建dockerfiles。

如果您对框架不感兴趣，您仍然可以查看add_dockerfile() 的源代码以了解它们如何管理部署。shiny::runApp()他们的策略是与端口参数一起使用。因此，shiny-server在这种情况下没有必要。

golem 中的 Dockerfile 大致如下所示

FROM rocker/tidyverse:3.6.1
RUN R -e 'install.packages("shiny")'
COPY app.R /app.R
EXPOSE 3838
CMD R -e 'shiny::runApp("app.R", port = 3838, host = "0.0.0.0")'

这将使应用程序在端口 上可用3838。当然，您必须安装任何其他 R 软件包和系统依赖项。

附加提示

• 为了提高可重复性，我建议您使用remotes::install_version()而不是install.packages().
• 如果您要部署多个具有相似依赖项的应用程序（例如shinydashboard），那么编写您自己的基础映像来代替rocker/tidyverse:3.6.1. 这样，您的构建将会快得多。

Answer 2

检查日志是否有任何有用的信息？并执行到容器中以验证应用程序内容是否复制到正确的位置。

因为 /App 内容复制的方式看起来不正确

的内容在构建阶段/App复制到映像中，并且您在运行容器时/srv/shiny-server/App尝试使用 -v 选项覆盖内容。/srv/shiny-server

看起来在运行时复制的应用程序数据被覆盖。

尝试不使用-v /C/Docker/App/:/srv/shinyserver/或使用-v /C/Docker/App/:/srv/shinyserver/App/

docker run --rm -p 3838:3838 -v /C/Docker/shinylog:/var/log/shiny-server/ didsh123/ps_app:heatmap