使Python脚本与linux软件包结合起来易于最终用户安装

Question

我编写了一个使用numpy，multiprocessing，tqdm和其他一些Python库的python脚本。另外，我运行的软件包（例如samtools，bwa，GATK）设置为必须在linux中安装（apt-get install）。

我想以某种方式包装所有这些依赖项，以使最终安装尽可能地对用户友好且稳定。

似乎pip不是一个选项，因为在我的示例中包含了非python软件包。

也许可以使用Docker或创建具有所有这些依赖关系的conda环境，但是我并没有真正了解如何进行管理。

Answer 1

我不愿意将软件安装到某些计算机/服务器上，因为它可能会破坏该系统上运行的其他软件。（尽管您不能省略使用来安装软件包pip）。相反，我将创建一个deb软件包并设置必须安装的软件的相关性，以指导用户进行安装。

1.创建deb目录结构
该目录deb包含该软件包的最终脚本/二进制文件。source有你的python代码。

$ cd $HOME/path/to/some/directory
$ mkdir -p ./deb/DEBIAN ./source
$ touch ./Makefile ./source/Makefile ./deb/DEBIAN/{control,preinst} ./source/hello-world.py
$ chmod +x ./deb/DEBIAN/preinst

2.添加文件
在下面，我添加了每个文件的内容。您应该能够根据需要实施它。

./Makefile：此文件负责生成源文件和deb。

PACKAGE         := hello-world

DEB_DIR         := deb
DEB_FILE        := $(PACKAGE).deb

SOURCE_DIR      := source
SOURCE_IN       := $(SOURCE_DIR)/$(PACKAGE).py
SOURCE_OUT      := $(DEB_DIR)/usr/bin/

.PHONY: all clean
all:
        @make -C $(SOURCE_DIR) CROSS_COMPILE=$(CROSS_COMPILE)
        @mkdir -p $(SOURCE_OUT)
        @cp -r $(SOURCE_IN) $(SOURCE_OUT)
        @chmod -R a-s $(DEB_DIR)
        @dpkg-deb --build $(DEB_DIR) $(DEB_FILE)

clean:
        @rm -rf $(DEB_FILE) $(SOURCE_OUT)
        @make -C $(SOURCE_DIR) clean

./deb/DEBIAN/control：Debian软件包管理器的控制文件。

Package: hello-world
Version: 1
Section: misc
Priority: optional
Architecture: all
Depends: libc6 (>= 2.24), python (>=2.7.13)
Maintainer: Your name <your-name@domain.org>
Description: This is a deb package to install an application

./deb/DEBIAN/preinst：可以在其中安装python软件包的文件。它在安装之前运行hello-world.py。同样，请确保您不只是（重新）安装/更新库。这可能会导致其他软件不兼容的问题。

#! /bin/bash
echo "pip install something"

./source/Makefile：我用来测试此设置的文件。

MYFILE=hello-world.py
all:
        @echo "#!/usr/bin/python\n\
        print('Hello world!')" > $(MYFILE)
        @chmod +x $(MYFILE)
clean:
        @rm $(MYFILE)

3.安装和拆卸 安装非常简单，只需使用即可dpkg。

dpkg -i hello-world.deb # for installation
dpkg -r hello-world     # for removal

一个不错的功能是您不必担心软件版本控制，因为它已经在control文件中完成了。如果您有兴趣阅读更多内容，Debian的教程很好。