如何修复蛇中的“IndexError：列表索引超出范围”

Question

我第一次设置一个新的 Snakemake 管道，并遇到了代码问题。

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我一开始就试图让它变得非常简单。

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\nconfigfile: "config.yaml"\nSAMPLES, = glob_wildcards("data/{sample}_L008_R1_001.fastq.gz")\n\nrule all:\n    input:\n        expand("umi_labeled_fastq/{sample}.umi-extract.fq.gz", sample=SAMPLES)\nrule umi_tools_extract:\n    input:\n        "data/{sample}_L008_R1_001.fastq.gz"\n    output:\n        "umi_labeled_fastq/{sample}.umi-extract.fq.gz"\n    shell:\n        "umi_tools extract --extract-method=regex --bc-pattern=\xe2\x80\x9d(?P<umi_1>.{6})(?P<discard_1>.{4}).*\xe2\x80\x9d -I {input} -S {output}"\n

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这是我收到的输出：

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Job counts:\n    count   jobs\n    1   all\n    6   umi_tools_extract\n    7\n\n[Thu May 16 16:55:05 2019]\nrule umi_tools_extract:\n    input: data/YL5_S221_L008_R1_001.fastq.gz\n    output: umi_labeled_fastq/YL5_S221.umi-extract.fq.gz\n    jobid: 3\n    wildcards: sample=YL5_S221\n\nRuleException in line 9 of /home/ryan/lexogen/test2.snakefile:\nIndexError: list index out of range\n

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如果我从正则表达式模式中删除这部分，那么我不会收到错误：

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--bc-pattern=\xe2\x80\x9d(?P<umi_1>.{6})(?P<discard_1>.{4}).*\xe2\x80\x9d

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然后我就没有错误了。我该如何解决这个问题？

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Answer 1

您需要通过将方括号加倍来转义 shell 命令中的大括号{4}和。Snakemake 认为它们是某种类型的变量，但实际上它们不是，因此会出现错误。{6}

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shell:\n    "umi_tools extract --extract-method=regex --bc-pattern=\xe2\x80\x9d(?P<umi_1>.{{6}})(?P<discard_1>.{{4}}).*\xe2\x80\x9d -I {input} -S {output}"\n

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