如何使用 Docker 将 Rmarkdown 转换为 HTML？

Question

如何test.rmd使用 Docker将以下内容转换为输出作为.html文档？

如果不需要在 docker 容器中设置 RStudio，我无法在这里找到一个简短的示例。

测试文件

---
title: "Test"
author: "John Doe"
date: "5/15/2019"
output:
  html_document:
    theme: lumen
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## R Markdown

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## Scatter Plot

```{r}
library(ggplot2)

ggplot(mpg, aes(displ, hwy, colour = class)) + 
  geom_point()
``

Answer 1

这是基于我为 Rmd 制作的并且我在本地拥有的Rocker 容器为您提供的答案（有两个更正/更改）。它相当小：R 加上rmarkdown一个完整的 LaTeX 堆栈（这方面对我来说很重要，对你来说可能不重要）和其他一点，但是ggplot2. 您可以docker pull rocker/r-rmd从Docker Hub的Rocker 帐户使用标准下载它。

我不得不对您的 Rmd 文件进行两次更改。首先，我在最后一行添加了缺少的第三个反引号。然后，我还必须删除流明主题。这可能来自另一个包——我不记得了。之后，以下命令可以解决问题（您的示例是另存为file.Rmd）：

docker run --rm -ti -v${PWD}:/work -w/work \
    rocker/r-rmd Rscript -e 'rmarkdown::render("file.Rmd")'

在我的盒子上输出日志

edd@rob:~/git/stackoverflow/56157292(master)$ docker run --rm -ti -v${PWD}:/work -w/work rocker/r-rmd Rscript -e 'rmarkdown::render("file.Rmd")'


processing file: file.Rmd
  |................................                                 |  50%
  ordinary text without R code

  |.................................................................| 100%
label: unnamed-chunk-1

output file: file.knit.md

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS file.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash+smart --output file.html --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template /usr/lib/R/site-library/rmarkdown/rmd/h/default.html --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable 'theme:bootstrap' --include-in-header /tmp/Rtmp6683qu/rmarkdown-str1417442cc.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML'

Output created: file.html
edd@rob:~/git/stackoverflow/56157292(master)$

渲染输出