Python 中的 3D Dicom 可视化

Question

我是 3D 图像处理新手。我想知道如何用python查看dicom系列。我尝试使用 matplotlib 和 VTK。在 matplot 中，我无法像使用 volViewer 在 matlab 中查看那样查看体积。关于 VTK，我无法导入 VTKRAyCASt 来观看 3D。我使用的版本是8.2.0。

我正在使用 scipy.ndimages 进行处理

请为我的体积 dicom 文件推荐一些资源

Answer 1

您可以尝试ipyvolume https://github.com/maartenbreddels/ipyvolume进行交互式绘图，我发现它非常有用。另外，您可以使用 matplotlib 绘制它们，通过使用行进立方体来获取表面网格，但速度相当慢：

from mpl_toolkits.mplot3d.art3d import Poly3DCollection
import numpy as np
from skimage import measure

def plot_3d(image, threshold=-300): 
    p = image.transpose(2,1,0)
    verts, faces, normals, values = measure.marching_cubes_lewiner(p, threshold)
    fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
    ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
    mesh = Poly3DCollection(verts[faces], alpha=0.1)
    face_color = [0.5, 0.5, 1]
    mesh.set_facecolor(face_color)
    ax.add_collection3d(mesh)
    ax.set_xlim(0, p.shape[0])
    ax.set_ylim(0, p.shape[1])
    ax.set_zlim(0, p.shape[2])

    plt.show()

-300 HU 的阈值适合可视化胸部 CT 扫描，但如果您要使用 MRI（检查强度值分布）或二进制体积（阈值 =0），请更改它。

有一些可视化的例子：

Answer 2

使用vtkplotter你应该能够轻松地做到这一点：

from vtkplotter import *

volume = load(mydicomdir) #returns a vtkVolume object
show(volume, bg='white')

安装： pip install vtkplotter