如何使用 rpy2 在 python 中运行 R 脚本

Question

我的问题似乎很基本，但即使在 rpy2 文档中我也找不到答案。我有 *.R 脚本，它接受一个参数作为“file.txt”（我需要不从命令行传递参数）。我想在 python 脚本中调用 R 脚本。我的问题是：如何将参数传递和恢复到 R 脚本？我的解决方案是：假设 R 脚本由此行开始：

df <- read.table(args[1], header=FALSE)
"
 here args[1] should be the file which is not passed from the command line
"
....

现在我在我的 python 脚本中编写了一个函数：

from rpy2 import robjects as ro
def run_R(file):
    r = ro.r
    r.source("myR_script.R")
   # how to pass the file argument to
   # the R script and how to
   # recuperate this argument in the R code?

Answer 1

为什么rpy2只用于运行 R 脚本？考虑避免使用此接口，而是使用Rscript.exePython 可以subprocess像任何外部可执行文件一样内置调用的自动化命令行，即使在传递所需参数时也是如此。

下面假设您在 PATH 环境变量中有 R bin 文件夹来识别Rscript. 如果没有，请在cmd 的第一个参数中添加此可执行文件的完整路径。另外，请务必将文件的完整路径传递给run_R方法：

from subprocess import Popen, PIPE

def run_R(file):
  # COMMAND WITH ARGUMENTS
  cmd = ["Rscript", "myR_script.R", file]

  p = Popen(cmd, cwd="/path/to/folder/of/my_script.R/"      
            stdin=PIPE, stdout=PIPE, stderr=PIPE)     
  output, error = p.communicate()

  # PRINT R CONSOLE OUTPUT (ERROR OR NOT)
  if p.returncode == 0:            
      print('R OUTPUT:\n {0}'.format(output))            
  else:                
      print('R ERROR:\n {0}'.format(error))

Answer 2

我的问题似乎非常基本，但即使在 rpy2 文档中我也找不到答案。

但这可能是一个很好的起点：

https://rpy2.github.io/doc/v3.0.x/html/robjects_rpackages.html#importing-任意-r-code-as-a-package

（...）

df <- read.table(args[1], header=FALSE)
"
 here args[1] should be the file which is not passed from the command line
"

当您到达那里时，命令行的参数早已传递给 R（因为那时 R 已经初始化并正在运行）。文档中上面的链接将是解决该问题的一种相对优雅的方法。否则你总是可以在 R 中创建一个向量args：

rpy2.robjects.globalenv['args'] = robjects.vectors.StrVector(['my_file.csv'])
r.source("myR_script.R")