如何在snakemake中只运行一个规则

Question

我在snakemake中创建了一个工作流程，当我只想运行一个规则时遇到了问题。事实上，它为我运行规则，其中输出是我规则的输入，即使这些规则之前已经创建。

例子 ：

rule A:
 input A
 output A

rule b:
 input b = output A
 output b

rule c:
 input c = output b
 output c

我怎样才能只运行规则 C？

Answer 1

您可以使用 --allowed-rules 选项。

snakemake --allowed-rules c

如果上游规则的输出文件已更改（包括如果它们已重新创建但内容尚未更改），Snakemake 将尝试重新运行由输入/输出链链接到下游规则的上游规则改变）。这种行为使 Snakemake 具有可重复性，但如果您尝试调试管道的特定部分并且不想运行所有中间步骤，则可能不希望这样做。

请参阅此讨论： https://bitbucket.org/snakemake/snakemake/issues/688/execute-specified-rule-only-and-not

Answer 2

如果存在依赖关系，我发现只有--until在您想运行规则 C just run时才有效snakemake -R --until c。如果存在假定的依赖关系，例如共享输入或输出路径，它将强制您运行上游规则而不使用--until. 始终先运行并-n进行空运行。

Answer 3

你只需运行：

snakemake -R b

提前看看这会做什么：

snakemake -R b -n

-R 选择一个规则（以及它的所有依赖规则！），-n 进行“试运行”，它只是打印没有 -n 时会执行的操作。