绘制由 3D numpy 数组表示的 3d 体积数据

Question

我已经看到 vtkplotter 支持范围广泛的体积图像格式，但它是否支持绘制 numpy 数组？我有一个 .mhd 格式的图像，我将其转换为 .npz 文件，并想使用提到的库绘制它。有没有办法这样做？

import numpy as np
data = np.zeros((3,3,3))
# how to plot this?

如果您知道任何其他适用于医学分析的可视化体积数据的工具，请告诉。我试过 mayavi，但它消耗了太多内存，以至于我的电脑崩溃了。

Answer 1

您可以使用 numpy_support 将 numpy 数组转换为 vtkImageData（即 VTK 3D 图像）。

下面是一个例子，有一个关于类型转换的 numpy 警告：我认为它不相关，但我不是 python 大师......

from vtk.util import numpy_support
import vtk
import numpy as np

data = np.zeros((3,3,3))

# vtkImageData is the vtk image volume type
imdata = vtk.vtkImageData()
# this is where the conversion happens
depthArray = numpy_support.numpy_to_vtk(data.ravel(), deep=True, array_type=vtk.VTK_DOUBLE)

# fill the vtk image data object
imdata.SetDimensions(data.shape)
imdata.SetSpacing([1,1,1])
imdata.SetOrigin([0,0,0])
imdata.GetPointData().SetScalars(depthArray)

# f.ex. save it as mhd file
writer = vtk.vtkMetaImageWriter()
writer.SetFileName("test.mhd")
writer.SetInputData(imdata)
writer.Write()

...并可视化 vtk 体积数据，您可以使用 Paraview。