在Torque集群上使用R Bioconductor SVA软件包的ComBat()函数的OpenBLAS问题

Question

我在R中的Bioconductor 的SVA包中使用ComBat()函数时遇到问题.

在我的笔记本电脑上(运行Linux Ubuntu 18操作系统的Latitude 5590),它运行良好.但是如果我在TORQUE集群上运行它,对ComBat()函数的调用会产生一个无限的等待循环:

"ComBat()"Found25batches

注意:一个批次只有一个样本,设置mean.only = TRUE

调整0变量或协变量水平

跨基因标准化数据

OpenBLAS blas_thread_init:pthread_create:资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init:RLIMIT_NPROC 903725当前,最大值903725

OpenBLAS blas_thread_init:pthread_create:资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init:RLIMIT_NPROC 903725当前,最大值903725

OpenBLAS blas_thread_init:pthread_create:资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init:RLIMIT_NPROC 903725当前,最大值903725

OpenBLAS blas_thread_init:pthread_create:资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init:RLIMIT_NPROC 903725当前,最大值903725

OpenBLAS blas_thread_init:pthread_create:资源暂时不可用

OpenBLAS blas_thread_init:RLIMIT_NPROC 903725当前,最大值903725

OpenBLAS blas_thread_init:pthread_create:资源暂时不可用

你知道我怎么解决它吗？

我在网上查了一下,有些人已经遇到了这个与Python有关的问题.这对我来说听起来很奇怪:如果它是一个Python问题,它为什么会出现在R？

谢谢

Answer 1

我的一位同事（StackOverflow 外部）帮助我找到了解决方案。

我需要在 R 脚本中插入此命令：

Sys.setenv(OPENBLAS_NUM_THREADS="1")

就是这样。