为什么在rmarkdown :: render中docx和html之间的绘图大小不同？

Question

当尝试将图形从Rmd绘制到Word和Docx时,绘图大小不同,其中docx版本修剪边缘.有什么方法可以防止这种情况吗？

这是一个Rmd,它在某种程度上最低限度地再现了这一点.(在其他图中,效果更加极端,但需要更多代码才能重现)

```{r}
library(gemtc)
example(gemtc)
forest(results)
```

rmarkdown::render("./test.Rmd", output_format="word_document", clean=F)

rmarkdown::render("./test.Rmd", output_format="html_fragment")

请注意CrI右侧修剪.

运行之间的绘图参数似乎不同(这是来自不同的图):

par(no.readonly = T)

(DOCX)

## $pin
## [1] 3.76 2.16
## 
## $plt
## [1] 0.164 0.916 0.255 0.795

与

(HTML)

## $pin
## [1] 5.76 3.16
## 
## $plt
## [1] 0.1171429 0.9400000 0.2040000 0.8360000
## 

在同一个情节.在某些情况下,这会导致边缘被修剪得极其严重.

版本信息

R version 3.4.4 (2018-03-15)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.1 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1

locale:
 [1] LC_CTYPE=C.UTF-8           LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] knitr_1.21.1   rmarkdown_1.11 gemtc_0.8-2    coda_0.19-2   

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.0      lattice_0.20-38 digest_0.6.18   truncnorm_1.0-8
 [5] slam_0.1-43     plyr_1.8.4      grid_3.4.4      meta_4.9-3     
 [9] magrittr_1.5    evaluate_0.12   stringi_1.2.4   tools_3.4.4    
[13] stringr_1.3.1   igraph_1.2.2    xfun_0.4        compiler_3.4.4 
[17] pkgconfig_2.0.2 Rglpk_0.6-3     htmltools_0.3.6

更极端情况的说明性示例(与上述相同的命令,在相同的Rmd文件上运行,图来自coda包)

HTML版本(正确) DOCX版本(尺寸错误)

Answer 1

截止是由于绘图设备(png)太小.R Markdown根据输出格式对图宽使用不同的默认值.使用默认选项编织为HTML 将生成7英寸宽的图像,而docx输出中的图像默认仅为5英寸宽.有问题的图对于所选的器件宽度来说太宽,导致意外的截止.

您可以通过将HTML输出的图形宽度设置为5英寸来验证这一点.生成的图像将与docx中的问题具有相同的问题:

---
output:
  html_document:
    fig_width: 5
---

```{r}
library(gemtc)
example(gemtc)
forest(results)
```

因此,修复是全局选择更大的图形宽度

---
output:
  word_document:
    fig_width: 5.5
---

或分别为每个情节:

```{r fig.width=5.5}
library(gemtc)
example(gemtc)
forest(results)
```