Rcpp：安装带有静态库的包，以便独立于平台使用

Question

我想在 R 包中使用libDAI C++库并想要该包：

1. 可在 Linux 和 Windows 上使用
2. 节省磁盘空间（外部库有约 60 Mb）
3. 最终用户不需要安装boost和gmp进行编译

我当前的设置是：

• 预编译 libDAI
  • 将 libdai.a 复制到 lib/
  • 将所有 libDAI 头文件复制到 inst/include
• 将 Makevar 添加到 src/

修改Makevar文件：

# include libraries
PKG_CPPFLAGS =-I../inst/include/
PKG_LIBS = -Llib -l../lib/libdai.a

我用于访问 libDAI 库的脚本是（src/ 中的 test.cpp）：

#include <dai/factorgraph.h>
#include <Rcpp.h>
#include <cmath>

using namespace Rcpp;
using namespace std;
using namespace dai;

//'
//' Creates libDAI factor graph object
//'
//' @param factor_graph character definition of the factor graph
//' @export
// [[Rcpp::export]]
void initialize_factor_graph(const char* factor_graph) {

  // read the factor graph from the string
  std::istringstream fgStream(factor_graph);
  FactorGraph net;
  net.ReadFromString( fgStream );

  // Output some information about the factorgraph
  cout << "Factor graph has " << net.nrVars() << " variables" << endl;
  cout << "Factor graph has " << net.nrFactors() << " factors" << endl;

}

运行Rscript -e "Rcpp::compileAttributes('libdai')"，然后R CMD INSTALL libdai返回错误：

Error: package or namespace load failed for 'libdai' in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object 
'/home/jk/libs/R/libdai/libs/libdai.so':
  /home/jk/libs/R/libdai/libs/libdai.so: undefined symbol: _ZTVN3dai11FactorGraphE
Error: loading failed

所以我的问题是：

• 我的设置有什么问题吗？
• 在 CRAN 上分享我的最终包的最佳程序是什么？
• 共享包的最佳设置是什么？

我的问题与这个和这个问题以及其他几个与引用静态库相关的帖子密切相关，但是我无法通过这些链接解决我的问题。

Answer 1

如何链接静态库

您可以使用-L<directory> -l<name>或<path>，即根据您的情况

PKG_LIBS = -L../lib -ldai

或者

PKG_LIBS = ../lib/libdai.a

标头放置

的标头libDAI仅在内部使用。无法链接到这些标头中声明的函数。因此我不会使用inst/include这些标头。

对 CRAN 的依赖

gmp 库似乎在 CRAN 构建器上可用，参见https://github.com/cran/gmp和https://cran.r-project.org/package=gmp。看来libDAI需要链接到boost（程序选项），参见https://bitbucket.org/jorism/libdai/src/83bd24a4c5bf17b0592a7b5b21e26bf052881833/Makefile.LINUX?at=master&fileviewer=file-view-default#Makefile.LINUX-49。然而，从实际情况来看，Makefile这似乎仅用于测试和实用程序。因此，您可能会摆脱BH 包提供的boost标头。

预构建静态库

这是 Windows 上的常见方法（参见https://github.com/rwinlib），但我发现它对于 Linux 来说不寻常。更常见的方法是以下之一：

• 将源代码包含在包中并在配置或包安装期间进行编译
• 下载源代码并在配置期间编译
• 与系统库的链接（不过我还没有看到 libDAI 的任何链接）。

对于这三种方法，CRAN 和 GitHub 上都有大量示例。不过，很难提出建议。我可能会选择“在包中包含源代码”并使用上游提供的 Makefile 作为构建库的起点。