那些遇到过的问题

如何在 Windows 中调试（逐行）Rcpp 生成的代码？

Mic*_*elE 6 r rcpp

我正在尝试Rcpp在运行时调试已编译的代码。很长一段时间以来，我一直试图让它无法成功地工作。这里问了一个非常相似的问题： Debugging (line by line) of Rcpp-generated DLL under Windows这提出了同样的问题，但问题和答案都远远超出了我的理解。

这是我所拥有的：

Windows 7 Pro SP1
R 3.5
Rstudio 1.1.463 with Rcpp.
Rbuild Tools from Rstudio. (c++ compiler)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

过程：在 Rstudio File->New File->C++ File（创建一个带有 timesTwo 函数的示例文件。）

我在这个文件中添加了一个新函数：

// [[Rcpp::export]]
NumericVector timesTwo2(NumericVector x) {
  for(int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
  {
    x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
  }
  return x;
}
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我在 Save 上检查了 Source 并将文件保存为 RcppTest.cpp ，它成功地获取或编译了文件。

在 Rstudio 中运行代码：

data = c(1:10)
data
[1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
timesTwo2(data)
Error in timesTwo2(data) : Index out of bounds: [index=10; extent=10].
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

错误是因为在 for 循环中<= x.size()所以结果是运行时错误。

问题是如何获得有关此错误的调​​试输出，合理地告诉我发生了什么？至少我想知道触发异常的代码行以及使用哪些参数。此外，我真的很想在异常之前逐行执行代码，以便我可以准确地监视正在发生的事情。

我可以安装任何其他程序或应用任何其他设置，只要我能找到有关如何操作的准确详细信息。现在我从头开始只是为了让它工作。谢谢你。

更新： 我找到了这个站点：Debugging Rcpp c++​​ code using gdb 我安装了最新的gcc8.1gdb

我在CXXFLAGS位于的makeconf文件中找到了C:\Program Files\R\R-3.5.1\etc\x64 然后我Rgui按照建议开始了，但是当我尝试时Rcpp:::sourceCpp出现错误：

> library(Rcpp)
> Rcpp::sourceCpp('Rcpptest.cpp')
C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/etc/x64/Makeconf:230: warning: overriding recipe for target '.m.o'
C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/etc/x64/Makeconf:223: warning: ignoring old recipe for target '.m.o'
c:/Rtools/mingw_64/bin/g++  -I"C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/include" -DNDEBUG   -I"C:/Users/Michael/Documents/R/win-library/3.5/Rcpp/include" -I"C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/bin/x64"        -ggdb -O0 -Wall -gdwarf-2 -mtune=generic -c Rcpptest.cpp -o Rcpptest.o
process_begin: CreateProcess(NULL, c:/Rtools/mingw_64/bin/g++ -IC:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/include -DNDEBUG -IC:/Users/Michael/Documents/R/win-library/3.5/Rcpp/include -IC:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/bin/x64 -ggdb -O0 -Wall -gdwarf-2 -mtune=generic -c Rcpptest.cpp -o Rcpptest.o, ...) failed.
make (e=2): The system cannot find the file specified.

make: *** [C:/PROGRA~1/R/R-35~1.1/etc/x64/Makeconf:215: Rcpptest.o] Error 2
Error in Rcpp::sourceCpp("Rcpptest.cpp") : 
  Error 1 occurred building shared library.

WARNING: The tools required to build C++ code for R were not found.

Please download and install the appropriate version of Rtools:

http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

看起来它正在加载新的CXXFLAGS并且正在使用DEBUG，但它似乎仍然无法编译。有人知道错误的原因吗？

我尝试以相同的方式运行 Rstudio Rgui，它开始时gdb窗口中显示了许多线程，但是 Rstudio 中的所有内容都像以前一样运行，没有来自 Rstudio 或gdb.

更新 2： 由于上面的错误指出Rgui没有用于编译的 Rtools，所以我从提供链接安装了 Rtools。它安装在 C:\Rtools 中，而 Rstudio 安装在 C:\RBuildTools 中。所以，我现在有3个编译器，Rtools，RbuildTools并gcc用gdb。它现在可以编译，但仍然出现与我在 Rstudio 中所做的相同的错误。我想至少获得更好的错误输出，例如传递的行和值。指令说Rgui应该有一个断点的地方，但我找不到这样的选项。

更新 3 我终于能够设置并运行 Linux 安装（Ubuntu 16.04.05）。首先这里是我的CXXFLAGS：

$ R CMD config CXXFLAGS
-g -O0 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我不得不创建一个.R在我的主目录文件夹和一个Makevar在它只有一行的文件

CXXFLAGS = -g -O0 -Wall -pedantic -fstack-protector-strong -D_FORTIFY_SOURCE=2

仅此一项就花费了数小时，因为它实际上并没有说制作文件夹和文件。

然后我在断点处执行了 Ralf 发布的命令：

> timesTwo2(d1)

Thread 1 "R" hit Breakpoint 1, timesTwo2 (x=...) at RcppTest.cpp:19
19  NumericVector timesTwo2(NumericVector x) {
(gdb) n
20    for (int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
(gdb) n
22      x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
(gdb) display ii
1: ii = 0
(gdb) n
20    for (int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
1: ii = 0
(gdb) n
22      x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
1: ii = 1
(gdb) n
20    for (int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
1: ii = 1
(gdb) display x.at(ii)
2: x.at(ii) = <error: Attempt to take address of value not located in memory.>
(gdb) n
22      x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
1: ii = 2
2: x.at(ii) = <error: Attempt to take address of value not located in memory.>
(gdb)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

最后在n = 10：

1: ii = 10
2: x.at(ii) = <error: Attempt to take address of value not located in memory.>
(gdb) n
0x00007ffff792d762 in Rf_applyClosure () from /usr/lib/R/lib/libR.so
(gdb)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

这绝对是我调试最远的地方，但这是一个非常基本的功能，调试输出甚至错误输出都不是很有用。它给了我它正在执行的行，它可以显示 ii，但我无法显示数组值或整个数组。是否可以创建一个更具体的断点，使其仅在 时中断ii == 10？理想情况下，我希望在 Rstudio 或其他一些可以显示整个矢量的 GUI 中使用它。还在做更多的测试。

Ral*_*ner 6

R -d gdb我也在下面的原始答案中建议的通常方法不适用于 Windows：

--debugger=name
-d 名称

（仅限 UNIX）通过调试器名称运行 R。对于大多数调试器（例外是 valgrind 和最新版本的 gdb），更多的命令行选项被忽略，而应该在从调试器内部启动 R 可执行文件时给出。

https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-intro.html#Invoking-R-from-the-command-line

选择：

  1. 在调试器中启动 R： gdb.exe Rgui.exe
  2. 设置断点： break TimesTwo2
  3. 运行 R： run
  4. 源文件： Rcpp::sourceCpp("debug.cpp")
  5. 使用next，print，display单步执行代码。

步骤 1. 的替代方法是启动 R，使用 获取 PID Sys.getpid()，使用 附加调试器gdb -p <pid>。你将不得不使用continue而不是run.

我现在没有 Windows 机器，所以以下是在 Linux 上完成的。不过，我希望它是可以转让的。让我们从一个debug.cpp包含您的代码的简单 cpp 文件（在我的例子中）开始：

#include <Rcpp.h>
using Rcpp::NumericVector;

// [[Rcpp::export]]
NumericVector timesTwo2(NumericVector x) {
  for(int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
  {
    x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
  }
  return x;
}

/*** R
data = c(1:10)
data
timesTwo2(data)
*/
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我可以通过在命令行上调用 R 来重现错误：

$ R -e "Rcpp::sourceCpp('debug.cpp')"

R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
[...]

> Rcpp::sourceCpp('debug.cpp')

> data = c(1:10)

> data
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

> timesTwo2(data)
Error in timesTwo2(data) : Index out of bounds: [index=10; extent=10].
Calls: <Anonymous> ... source -> withVisible -> eval -> eval -> timesTwo2 -> .Call
Execution halted
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

接下来我们可以使用gdb调试器启动 R （参见Dirk 所说的编写 R 扩展）：

$ R -d gdb -e "Rcpp::sourceCpp('debug.cpp')"
GNU gdb (Debian 8.2-1) 8.2
[...]
(gdb) break timesTwo2
Function "timesTwo2" not defined.
Make breakpoint pending on future shared library load? (y or [n]) y
Breakpoint 1 (timesTwo2) pending.
(gdb) run
[...]
> Rcpp::sourceCpp('debug.cpp')
[Thread 0xb40d3b40 (LWP 31793) exited]
[Detaching after fork from child process 31795]

> data = c(1:10)

> data
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

> timesTwo2(data)

Thread 1 "R" hit Breakpoint 1, 0xb34f3310 in timesTwo2(Rcpp::Vector<14, Rcpp::PreserveStorage>)@plt ()
   from /tmp/RtmphgrjLg/sourceCpp-i686-pc-linux-gnu-1.0.0/sourcecpp_7c2d7f56744b/sourceCpp_2.so
(gdb)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

在这一点上，你可以单步执行程序使用单next（或刚刚n），并使用输出变量print（或只是p）。一个有用的命令也是display：

Thread 1 "R" hit Breakpoint 1, timesTwo2 (x=...) at debug.cpp:5
5   NumericVector timesTwo2(NumericVector x) {
(gdb) n
6     for(int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
(gdb) n
8       x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
(gdb) display ii
2: ii = 0
(gdb) n
8       x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
2: ii = 0

[...]

2: ii = 9
(gdb) 
46          inline proxy ref(R_xlen_t i) { return start[i] ; }
2: ii = 9
(gdb) 
6     for(int ii = 0; ii <= x.size(); ii++)
2: ii = 10
(gdb) 
8       x.at(ii) = x.at(ii) * 2;
2: ii = 10
(gdb) 
Error in timesTwo2(data) : Index out of bounds: [index=10; extent=10].
Calls: <Anonymous> ... source -> withVisible -> eval -> eval -> timesTwo2 -> .Call
Execution halted
[Detaching after fork from child process 32698]
[Inferior 1 (process 32654) exited with code 01]
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

顺便说一句，我使用了以下编译标志：

$ R CMD config CXXFLAGS
-g -O2 -Wall -pedantic -fstack-protector-strong -D_FORTIFY_SOURCE=2
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

您可能想要切换到-O0.

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6 年，1 月 前
在Windows下调试(逐行)Rcpp生成的DLL 20
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