通过 knit + pandoc R markdown 到 html：错误 137

Question

我有以下问题：我有一个 .Rmd 文件，我使用 Rstudio 按钮通过 knit + pandoc 将其编译为 html。在此 .Rmd 文件中，我按照此处描述的方法将 json 数据传递到 js 层： http ://livefreeordichotomize.com/2017/01/24/custom-javascript-visualizations-in-rmarkdown/

这是因为我想将这些数据用于一些自定义 d3 视觉效果。这似乎适用于适量的数据，但是当我尝试传递较大的数据时，我在从 .Rmd 编​​译为 html 时遇到问题；问题似乎出在 pandoc 上，据我所知：

pandoc 文档转换失败，错误 137

我试图在网上到处寻找此错误消息的解释，但没有任何运气。有谁知道这个错误意味着什么？

Answer 1

研究该错误后我仍然无法修复它。然而，我有一个解决方法，允许人们将任意 json 数据注入到使用 R markdown 生成的 html 报告中，而无需通过 pandoc；后者似乎不喜欢使用例如中描述的方法注入大量json

http://livefreeordichotomize.com/2017/01/24/custom-javascript-visualizations-in-rmarkdown/

因为这个 137 错误在我看来与 pandoc 杀死 html 的转换过程有关，因为它需要很长时间才能终止。

解决方法非常简单：与其在 knitr 编译步骤中通过将 json 数据包含在带有 'asis' 选项的块中（如上面的链接中所述）来注入 json 数据，不如将 json 数据附加在末尾通过knitr和pandoc编译生成的html文件中的 。换句话说，将 json 数据注入到 kitr + pandoc 步骤的输出 html 文件中。

假设要编译为 html 的 rmd 文件位于已安装的包中，并遵循以下建议

在 DOM 中嵌入任意 JSON 的最佳实践？

为了在 DOM 中嵌入 json 数据，可以使用 xml2 包和以下函数来实现这一目标：

create_report <- function(file, 
                          subdir, 
                          package, 
                          parameters, 
                          output_file, 
                          data_arr = NULL){
  #check file exists
  if (system.file(package = package, subdir, file) == ''){
    stop('Cannot find the .rmd file')
  }
  #first generate report
  address <- rmarkdown::render(system.file(package = package,
                                       subdir,
                                       file),
                           output_dir = getwd(),
                           intermediates_dir = getwd(),
                           output_file = output_file,
                           params = parameters,
                           clean = FALSE)
  #then append the data in the json files located in the named list
  #data_arr directly into the 
  #html after compilation if needed:
  if (!is.null(data_arr)){
  report <- xml2::read_html(address)
  report_body <- xml2::xml_find_first(report, "body")
  #adding the data
  for (i in 1:length(data_arr)){
    xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'application/json', id = 
  names(data_arr[i]), data_arr[[i]])
  }
  #Then add a script that takes the data from the script tags added above and 
  #initializes the variables.
  varnames <- paste0("var ", names(data_arr), " = 
  JSON.parse(document.getElementById('", names(data_arr), "').innerHTML);",
                   collapse = " ")
  xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'text/javascript', id = 
  'external_json_init', varnames)
  xml2::write_html(report, address)
}
return(address)
}

在上面的函数中，data_arr 应该是一个命名列表，其元素是通过使用 jsonlite::toJSON 转换 R 对象获得的 json 字符串，其名称是 javascript 层用于存储数据的变量名。通过这种方式，可以将任意大小的 json 注入到 R markdown 生成的 html 中，以便由 javascript 操作。