R包中的rJava类路径...适用于某些系统......而不适用于其他系统

Question

我已经为R构建了一个包,它将R包装在一些Java类中.在我的开发笔记本电脑(Ubuntu)上,这个软件包加载正常,效果很好.在另外两台机器(一台Ubuntu,一台Debian)上,我试图使用这个包,并且.jpackage()调用没有设置类路径.

所有三台机器都运行R 2.12.1和rJava .8-8,我认为这是最新的.

整个软件包都在谷歌代码上,但这里是zzz.R文件的内容,它用于在一台机器上设置类路径,但不在其他机器上设置类路径:

##' @import rJava
.onLoad <- function(lib, pkg) {
    pathToSdk <- paste(system.file(package = "GSRadR") , "/gsrad_sample/lib/", sep="")

    jarPaths <- c(paste(pathToSdk, "clima_core-1.0.0.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "clima_GSRAD-1.0.0.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "colt-1.0.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "commons-lang-2.0.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "junit-3.8.1.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "log4j-1.2.8.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "xqore.jar", sep="")
                  )    
    .jpackage(pkg, morePaths=jarPaths)
    attach( javaImport( c("java.lang", "java.io")))
    packageStartupMessage( paste( "GSRadR loaded. The classpath is: ", paste(.jclassPath(), collapse=" " ) ) )        
}

在我的笔记本电脑上返回以下内容:

> require(GSRadR)
Loading required package: GSRadR
Loading required package: rJava
GSRadR loaded. The classpath is:  /home/jal/R/library/rJava/java /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/clima_core-1.0.0.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/clima_GSRAD-1.0.0.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/colt-1.0.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/commons-lang-2.0.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/junit-3.8.1.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/log4j-1.2.8.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/xqore.jar

但在我的其他机器上它只返回:

> require(GSRadR)
Loading required package: GSRadR
Loading required package: rJava
GSRadR loaded. The classpath is:  /usr/lib/R/site-library/rJava/java

关于什么可能导致.jpackage()调用在不同机器上以不同方式工作的任何提示？我之前使用rJava构建了包,并且对.onLoad()函数使用了相同的模板而没有任何问题.

编辑

所以在其中一台没有工作的机器上,我试图简单地在类路径中添加"非包"方式的路径.那次失败了:

> .jaddClassPath("/home/jal/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/GSRadR/gsrad_sample/lib/clima_core-1.0.0.jar")
> .jclassPath()
[1] "/usr/lib/R/site-library/rJava/java"

嗯...所以我无法在课程路径中添加任何内容.但为什么？

编辑二

当我将自定义库加载到其中一台无法正常工作的计算机上时,我使用的是临时库位置,如下所示:

install.packages("/tmp/GSRadR_0.01.tar.gz", lib=/my/path)

然后像这样加载库:

require(GARadR, lib=/my/path)

我通过反复试验发现,如果我移除lib=钻头它会正常工作.那么为什么要将使用rJava的R包加载到自定义库位置以防止该.jaddClassPath()函数工作？

我或许可以解决这个问题,但我很想知道是什么导致了这种奇怪的行为(至少对我而言).

Answer 1

我怀疑第一次编辑中的目录或文件不存在：/home/jal/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/GSRadR/gsrad_sample/lib/clima_core-1.0.0.jar。（另外，您确定要添加该特定文件或目录吗？）

尝试file.info("/home/jal/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/GSRadR/gsrad_sample/lib/clima_core-1.0.0.jar")。

就我而言，我尝试过.jaddClassPath("/willy/wonka")但没有成功。但当我尝试时.jaddClassPath("/home/voldemort")，它成功了。（让 Java 成为你的魂器。）