创建HDF5数据集时出现“ ValueError：不是位置ID（无效的对象ID）”

Question

我有一个大小为（3997,29）的numpy array（arr）。我正在使用此数组创建数据集。该数组同时具有整数和浮点变量。所以dtype是参考。但是，当我执行它时，出现以下错误。

“ ValueError：不是位置ID（无效的对象ID）”

with h5py.File("test1.h5", 'w') as f:
     grp = f.create_group('Nodes')

with h5py.File("test1.h5", 'r+') as f:
     grp = f.require_group('Nodes')

ref_dtype = h5py.special_dtype(ref=h5py.Reference)

arrshape = np.shape(arr)

dset = grp.create_dataset('Init' ,arrshape, dtype = ref_dtype , data= arr)

错误发生在最后一行。以下是回溯消息
dset = f.create_dataset（'Init'，arrshape，dtype = ref_dtype，data = arr）

文件“ C：\ Users \ rupesh.n \ AppData \ Local \ Continuum \ anaconda3 \ lib \ site-packages \ h5py_hl \ group.py”，行108，位于create_dataset中dsid = dataset.make_new_dset（自身，形状，dtype，数据，** kwds）

在make_new_dset dset_id = h5d.create中的文件“ C：\ Users \ rupesh.n \ AppData \ Local \ Continuum \ anaconda3 \ lib \ site-packages \ h5py_hl \ dataset.py”，行137中。 ，sid，dcpl = dcpl）

在h5py._objects.with_phil.wrapper中的文件“ h5py_objects.pyx”第54行

在h5py._objects.with_phil.wrapper中的文件“ h5py_objects.pyx”，第55行

在h5py.h5d.create中的文件“ h5py \ h5d.pyx”，第79行

ValueError：不是位置ID（无效的对象ID）

Answer 1

当有人尝试使用闭合句柄创建新数据集时，经常会发生此错误。如果要迭代，请确保未在循环内关闭文件。我和OP有同样的问题。