那些遇到过的问题

尽管系统上有可用的tcl-tk，R软件包geoR也不会安装在macOS上

San*_*aan 3 homebrew r tcltk geor

我已经通过安装了R和RStudio brew。对于项目，我需要R库中的一个函数，而该函数geoR又依赖于tcl-tk。我也通过brew：安装了它brew install tcl-tk。但是，尝试安装geoR仍然会导致以下错误-我没有得到。重新安装R / RStudio没有帮助。也没有重新启动Mac。哦，尝试geoR从CRAN下载的二进制文件进行安装也无济于事……最后，尝试tcl-tk从R网站安装软件包也不能解决此问题。

我也将其发布在的GitHub上brew-但也许其他人可以访问StackOverflow领域。

我的brew状态

brew config
HOMEBREW_VERSION: 1.5.2
ORIGIN: https://github.com/Homebrew/brew
HEAD: 60a30e966b7cece5bd4823dae3fb981ab85106ea
Last commit: 11 days ago
Core tap ORIGIN: https://github.com/Homebrew/homebrew-core
Core tap HEAD: 8c1c4f86a269cb23d9d92008abf1a37eabb297b6
Core tap last commit: 2 hours ago
HOMEBREW_PREFIX: /usr/local
CPU: quad-core 64-bit skylake
Homebrew Ruby: 2.3.3 => /System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.3/usr/bin/ruby
Clang: 9.0 build 900
Git: 2.16.1 => /usr/local/bin/git
Curl: 7.54.0 => /usr/bin/curl
Perl: /usr/bin/perl
Python: /usr/local/opt/python/libexec/bin/python => /usr/local/Cellar/python/2.7.14_2/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin/python2.7
Ruby: /usr/bin/ruby => /System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.3/usr/bin/ruby
Java: 9.0.1
macOS: 10.13.3-x86_64
Xcode: N/A
CLT: 9.2.0.0.1.1510905681
X11: 2.7.11 => /opt/X11
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

错误

* installing *source* package ‘geoR’ ...
** package ‘geoR’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
clang -I/usr/local/Cellar/r/3.4.3_1/lib/R/include -DNDEBUG   -I/usr/local/opt/gettext/include -I/usr/local/opt/readline/include -I/usr/local/include   -fPIC  -g -O2  -c geoR.c -o geoR.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/Cellar/r/3.4.3_1/lib/R/lib -L/usr/local/opt/gettext/lib -L/usr/local/opt/readline/lib -L/usr/local/lib -o geoR.so geoR.o -L/usr/local/Cellar/r/3.4.3_1/lib/R/lib -lR -lintl -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
installing to /usr/local/lib/R/3.4/site-library/geoR/libs
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
Warning: S3 methods ‘as.character.tclObj’, ‘as.character.tclVar’, ‘as.double.tclObj’, ‘as.integer.tclObj’, ‘as.logical.tclObj’, ‘as.raw.tclObj’, ‘print.tclObj’, ‘[[.tclArray’, ‘[[<-.tclArray’, ‘$.tclArray’, ‘$<-.tclArray’, ‘names.tclArray’, ‘names<-.tclArray’, ‘length.tclArray’, ‘length<-.tclArray’, ‘tclObj.tclVar’, ‘tclObj<-.tclVar’, ‘tclvalue.default’, ‘tclvalue.tclObj’, ‘tclvalue.tclVar’, ‘tclvalue<-.default’, ‘tclvalue<-.tclVar’, ‘close.tkProgressBar’ were declared in NAMESPACE but not found
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'tcltk', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: Tcl/Tk support is not available on this system
ERROR: lazy loading failed for package ‘geoR’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library/geoR’
* restoring previous ‘/usr/local/lib/R/3.4/site-library/geoR’

The downloaded source packages are in
    ‘/private/var/folders/kh/0s66cjl5487fg_fhwgxqd2340000gn/T/RtmpooD5vJ/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("geoR") :
  installation of package ‘geoR’ had non-zero exit status
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

San*_*aan 5

好吧，经过大量的搜索和对我所读内容的分析，我得出了一个解决方案。

在这里，我为需要解决方案的原因以及我执行的分步过程添加了一些背景知识。请注意，这当然不是最终的解决方案/过程，并且也许某些步骤是多余的-我将其交给其他人。

背景

有时数据非常不对称，并且包含很多“零”（或者非常小的数字接近“零”）。在分析此类数据之前，需要进行归一化以符合统计检验的假设（您可以在此处找到有关变换和归一化的更多信息）。通常人们进行对数转换（例如自然对数或对数2），缺点是您松开了“零”。

在我的情况下，这是一个问题，因为正确完成了测量（没有技术问题），所以“零”实际上表示“零”。换句话说：我不希望失去他们。几年前，我的一位同事向我指出*'Box-Cox'转换**（您可以在此处找到更多信息），该方法可R通过geoR软件包获得。

关键是：我brew用来安装RmacOS上缺少的许多其他软件包/库，例如 wget。至于原因，我还没有得到-但我也意识到这超出了我的能力的编码- brew并不能正常安装R 使用的tcl-tk软件包。并使其成为您需要的关键部分，geoR并通过扩展功能boxccoxfit来发挥作用。经过一番谷歌搜索后，我得到了一些提示，使我找到了（从表面上）永久解决方案。网站上的讨论brew至关重要。

一步步

  1. 我确保已通过安装了tcl-tk brew。
    • brew install tcl-tk
    • 我确定tcl-tk自己已经走了echo 'export PATH="/usr/local/opt/tcl-tk/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile。
    • 该命令wish还确认了这一点。

  2. 我还确保我已正确安装了命令行工具-上周对High Sierra进行了一些更新，而其他人报告了与此相关的问题，因此我担心可能必须重新安装它。我没有必要，但是这是我检查的方式。该命令brew config显示：

    HOMEBREW_VERSION：1.5.2
    ORIGIN：https://github.com/Homebrew/brew
    HEAD：60a30e966b7cece5bd4823dae3fb981ab85106ea
    最后承诺：13天前
    核心龙头产地：https://github.com/Homebrew/homebrew-core
    核心旋塞头部：8c1c4f86a269cb23d9d92008abf1a37eabb297b6
    核心点击最后一次提交：2天前
    HOMEBREW_PREFIX：/ usr / local
    CPU：四核64位skylake
    Homebrew Ruby：2.3.3 => /System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.3/usr/bin/ruby
    铛声：9.0 build 900
    Git：2.16.1 => / usr / local / bin / git
    卷曲：7.54.0 => / usr / bin / curl
    Perl：/ usr / bin / perl
    Python：/ usr / local / opt / python / libexec / bin / python => /usr/local/Cellar/python/2.7.14_2/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin/python2.7
    Ruby：/ usr / bin / ruby​​ => /System/Library/Frameworks/Ruby.framework/Versions/2.3/usr/bin/ruby Java：9.0.1
    macOS：10.13.3-x86_64
    Xcode：不适用
    ** CLT：9.2.0.0 .1.1510905681 **
    X11：2.7.11 => / opt / X11

    粗体打印线建议Command Line Tools应安装。

  3. 然后，我使用命令仔细检查了是否真的设置了路径，该命令xcode-select -p显示：

    /图书馆/开发人员/ CommandLineTools


  4. 也gcc已正确设置。我使用进行了检查gcc --version，结果显示：

    配置为：--prefix = / Library / Developer / CommandLineTools / usr --with-gxx-include-dir = / usr / include / c ++ / 4.2.1
    Apple LLVM版本9.0.0（clang-900.0.39.2）
    目标： x86_64-apple-darwin17.4.0
    线程模型：posix
    InstalledDir：/ Library / Developer / CommandLineTools / usr / bin


  5. 现在，我已经证实的基本知识都存在，我继续通过重新安装Xquartz，R和RStudio。为了确保我得到的R 与 tcl-tk我所用的R-版本@srfore。这些是后续命令。

    • brew cask reinstall xquartz，重新安装Xquartz。可选（如果已安装）。
    • brew reinstall -s sethrfore/homebrew-r-srf/r，安装了的编辑版本R。
    • brew cask reinstall rstudio，重新安装Rstudio。可选（如果已安装）。

  6. 一切似乎都很好，我与仔细检查了brew doctor。

    您的系统已准备就绪。

  7. 当然，对我而言，这一切都需要使用依赖于boxcoxfit的R软件包中的函数。所以，现在是放映时间，我开始了R：geoRtcl-tk

    install.packages（“ geoR”）将
    软件包安装到'/usr/local/lib/R/3.4/site-library'中
    （因为未指定'lib'）
    ---请选择一个CRAN镜像供本次会议使用- -
    安全的CRAN镜像

    许多人在这里显示，因此我删除了这一部分。

    选择：1个
    试图URL ' https://cloud.r-project.org/src/contrib/geoR_1.7-5.2.tar.gz '
    内容类型'应用程序/ x-gzip的'长度421612个字节（411 KB）
    == =============================================
    下载411 KB

    *安装源软件包'geoR'...
    **软件包'geoR'成功解压并检查了MD5总数
    ** libs
    clang -I / usr / local / Cellar / r / 3.4.3_1 / lib / R / include -DNDEBUG -I / usr / local / opt / gettext / include -I / usr / local / opt / readline / include -I / usr / local / include -fPIC -g -O2 -c geoR.c -o geoR.o
    clang -dynamiclib- WL，-headerpad_max_install_names-未定义的dynamic_lookup-单模块-multiply_defined抑制-L / usr / local / Cellar / r / 3.4.3_1 / lib / R / lib -L ​​/ usr / local / opt / gettext / lib -L ​​/ usr / local / opt / readline / lib -L ​​/ usr / local / lib -o geoR.so geoR.o -L / usr / local / Cellar / r / 3.4.3_1 / lib / R / lib -lR -lintl -Wl，-框架-Wl，CoreFoundation
    安装到/usr/local/lib/R/3.4/site-library/geoR/libs
    ** R
    **数据
    *将数据集移动到lazyload DB
    ** inst
    **为延迟加载准备软件包
    **帮助
    *    安装帮助索引
    **构建软件包索引
    **测试是否可以加载已安装的软件包
    * DONE（geoR）

    下载的源软件包位于
    '/私人/ var /文件夹/ kh / 0s66cjl5487fg_fhwgxqd2340000gn / T / RtmpHJHtGf / downloaded_pa​​ckages'


    加载geoR不是问题：

    library（“ geoR”）
    -------------------------------------------- ------------------
    地统计数据的分析
    有关geoR的简介，请访问http://www.leg.ufpr.br/geoR
    geoR 1.7-5.2版（基于2016-05-02）现在已加载
    ----------------------------------------- ---------------------

  • 请把它写成答案；指向博客文章的链接更适合发表评论。 (2认同)

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8 年，4 月 前
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