将igraph对象子集化为边的名称

Question

考虑一个将每个变量彼此关联的数据帧：

iris_cor <- structure(list(x = c("Sepal.Length", "Sepal.Length", "Sepal.Length", 
"Sepal.Length", "Sepal.Width", "Sepal.Width", "Sepal.Width", 
"Sepal.Width", "Petal.Length", "Petal.Length", "Petal.Length", 
"Petal.Length", "Petal.Width", "Petal.Width", "Petal.Width", 
"Petal.Width"), y = c("Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length", 
"Petal.Width", "Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length", 
"Petal.Width", "Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length", 
"Petal.Width", "Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length", 
"Petal.Width"), r = c(NA, -0.117569784133002, 0.871753775886583, 
0.817941126271576, -0.117569784133002, NA, -0.42844010433054, 
-0.366125932536439, 0.871753775886583, -0.42844010433054, NA, 
0.962865431402796, 0.817941126271576, -0.366125932536439, 0.962865431402796, 
NA)), row.names = c(NA, -16L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"
), .Names = c("x", "y", "r"))

如果要对此进行网络绘图，请执行以下操作：

library(igraph)
iris_igraph <- graph_from_data_frame(iris_cor)

现在，如果我仅对涉及的相关性感兴趣，则Sepal.Length不清楚如何有效地提取该信息。尝试这两种方法都不成功。第一个原因是错误，第二个原因是我仅获得了Sepal.Length所有错误的第一个实例：

> subgraph.edges(iris_igraph, E(iris_igraph)[name == "Sepal.Length"])
Error in eval(x$expr, data, x$env) : object 'name' not found
> 
> subgraph.edges(iris_igraph, V(iris_igraph)[name == "Sepal.Length"])
IGRAPH dc7408b DN-- 1 1 -- 
+ attr: name (v/c), r (e/n)
+ edge from dc7408b (vertex names):
[1] Sepal.Length->Sepal.Length

这将产生所需的输出：

subgraph.edges(iris_igraph, E(iris_igraph)[1:4])

但是，当igraph对象的所需子集不按顺序排列或有许多节点/边时，编号索引不切实际。

谁能推荐一种方法为边缘名称命名一个igraph对象？

Answer 1

根据索引边缘序列，可以将特殊功能inc用于边缘子设置，该功能：

选取一个顶点序列，并选择在该顶点序列中具有至少一个入射顶点的所有边。

E(iris_igraph)[inc('Sepal.Length')]
#+ 7/16 edges (vertex names):
#[1] Sepal.Length->Sepal.Length Sepal.Length->Sepal.Width  Sepal.Length->Petal.Length
#[4] Sepal.Length->Petal.Width  Sepal.Width ->Sepal.Length Petal.Length->Sepal.Length
#[7] Petal.Width ->Sepal.Length

从中选择边Sepal.Length：

E(iris_igraph)[from('Sepal.Length')]
#+ 4/16 edges (vertex names):
#[1] Sepal.Length->Sepal.Length Sepal.Length->Sepal.Width  Sepal.Length->Petal.Length
#[4] Sepal.Length->Petal.Width 

选择以下边缘Sepal.Length：

E(iris_igraph)[to('Sepal.Length')]
#+ 4/16 edges (vertex names):
#[1] Sepal.Length->Sepal.Length Sepal.Width ->Sepal.Length Petal.Length->Sepal.Length
#[4] Petal.Width ->Sepal.Length