是否可以在snakemake dry run中打印命令而不是规则？

Question

试运行是工作流语言的一个非常重要的功能。我所看到的主要是运行命令时将执行的内容，这正是运行时看到的内容make -n。

然而类比功能snakemake -n打印出类似的东西

Building DAG of jobs...

rule produce_output:
    output: my_output
    jobid: 0
    wildcards: var=something

Job counts:
    count   jobs
    1   produce_output
    1

日志包含除执行的命令之外的所有内容。有没有办法从snakemake获取命令？

Answer 1

snakemake -p --quiet -n

-p用于打印 shell 命令
-n用于空运行
--quiet用于删除其余部分

编辑 2019 年 1 月

这个解决方案对于snakemake的最新版本来说似乎被破坏了