R: system() 不能使用 .bashrc 中定义的 bash 函数

Question

题

我的默认 Python 是 2.7，但我有一个需要 Python 3.4 的脚本。我正在尝试在 R 中创建一个函数，它将：

1. 切换到 Python 3.4
2. 运行这个脚本
3. 切换回 Python 2.7
4. 将结果导入 R

要在 Python 版本之间切换，我使用集群的“dotkit”系统，如下所示：

use Python-2.7
use Python-3.4

“use”是一个导入到我的 .bashrc 文件中的 bash 函数。它设置了我所有的路径变量（PATH、LIBRARY_PATH、LD_LIBRARY_PATH、CPATH、C_INCLUDE_PATH 等）。问题是，当我尝试在 R 中调用此函数时，出现以下错误：

system('use Python-3.4')
sh: use: command not found

这似乎是我的 PATH 的问题。我正在使用正确的外壳：

system('echo $SHELL')
/bin/bash

我的 $PATH 变量看起来也不错。但是，当我创建一个基本上执行相同操作的脚本时：

load_py34.sh：

#!/bin/bash
source ~/.bashrc
use Python-3.4

并通过 R 调用此脚本，然后它实际运行，但由于某种原因，它不会更改我在 R 中的 Python 版本。（我已验证此脚本可从命令行运行。）

> R
> system('python --version')
Python 2.7.1
> system('sh load_py34.sh')
Prepending: R-3.4 (ok)
> system('python --version')
Python 2.7.1

所以我有点困惑，但如果有人可以提供帮助，我将不胜感激。

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建议的修复

当我将它们组合成一个命令时，我仍然遇到同样的问题：

> system("sh load_py34.sh; python --version")
Prepending: Python-3.4 (already loaded)
Python 2.7.1

当我尝试直接调用 bash 时，我仍然遇到 PATH 问题：

> system("bash -c 'use Python-3.4; python --version'")
bash: use: command not found
Python 2.7.1

Answer 1

当你调用system()它时/bin/sh，它不是/bin/bash。sh启动时不会读取您的.bashrc文件，因此它不知道您在那里定义的任何函数。

要使用 中的函数.bashrc，您必须bash运行它：

系统（“bash -c '使用Python-3.4；python --version'”）

编辑：结束单引号的放置。