igraph 中的 BFS 父属性错误

Question

我正在使用 igraph 包，我不确定它是否是一个错误，但 $father 输出有时没有意义。具体来说，当我重命名顶点属性时。

h<-make_tree(10)

#with normal vertex attributes
graph.bfs(h, root="1", neimode='out', order=TRUE, father=TRUE,unreachable=FALSE) #father output seems correct
plot(h,layout=layout_as_tree)

#with renamed vertex attributes
set.seed(1)
h<-set.vertex.attribute(h, "name", value=sample(1:10,10))
plot(h,layout=layout_as_tree)
graph.bfs(h, root="3", neimode='out', order=TRUE, father=TRUE,unreachable=FALSE)  #father output seems wrong

我获得如下输出

#with normal vertex attributes
$order
+ 10/10 vertices, from ff55a96:
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

$rank
NULL

$father
+ 10/10 vertices, from ff55a96:
 [1] NA  1  1  2  2  3  3  4  4  5

#with renamed vertex attributes
$order
+ 10/10 vertices, named, from 170f7a0:
 [1] 3  4  5  7  2  8  9  6  10 1 

$rank
NULL

$father
+ 10/10 vertices, named, from 170f7a0:
 [1] 3  4  5  7  2  8  9  6  10 1 

我不明白为什么重命名顶点属性的父亲是错误的。例如，第一个元素应该是 NA 而不是。

有人可以解释发生了什么吗？如果是这样，我该如何解决这个问题，以便我的父亲元素反映类似于第一种情况的内容。

Answer 1

这有点奇怪，但由于某种原因，该bfs函数将顶点名称直接分配给向量名称father。参见源码中第54-55行代码：

   if (father) 
      names(res$father) <- V(graph)$name

res$father显然，这只是用图中的名称向量覆盖了 的名称。请注意，此条件语句要求参数igraph_opt("add.vertex.names")为真。

因此，我们可以通过将添加顶点名称的全局选项设置为 false 来避免这种行为。

> igraph_options()$add.vertex.names
[1] TRUE
> igraph_options(add.vertex.names=F)
> igraph_options()$add.vertex.names
[1] FALSE

现在它应该可以工作：

h<-make_tree(10)
set.seed(1)
h<-set_vertex_attr(h, "name", value=sample(1:10,10))
bfs(h, root=1, neimode='out', order=TRUE, rank=TRUE, father=TRUE,unreachable=FALSE)

输出：

    $root
[1] 1

$neimode
[1] "out"

$order
+ 10/10 vertices, named:
 [1] 3  4  5  7  2  8  9  6  10 1 

$rank
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10

$father
+ 10/10 vertices, named:
 [1] <NA> 3    3    4    4    5    5    7    7    2   

$pred
NULL

$succ
NULL

$dist
NULL

可能值得在igraphgithub 上提出这个问题，因为这似乎（至少对我来说）是不良行为。