我无法模拟如何stat_smooth计算其置信区间。
让我们生成一些数据和一个简单的模型:
library(tidyverse)
# sample data
df = tibble(
x = runif(10),
y = x + rnorm(10)*0.2
)
# simple linear model
model = lm(y ~ x, df)
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现在用于predict()生成值和置信区间
# predict
df$predicted = predict(
object = model,
newdata = df
)
# predict 95% confidence interval
df$CI = predict(
object = model,
newdata = df,
se.fit = TRUE
)$se.fit * qnorm(1 - (1-0.95)/2)
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请注意,qnorm 用于从标准误差扩展到 95% CI
绘制数据(黑点)、geom_smooth(黑线 + 灰带)和预测带(红线和蓝线)。
ggplot(df) +
aes(x = x, y = y) +
geom_point(size = 2) +
geom_smooth(method = "lm", level = 0.95, fullrange = TRUE, color = "black") +
geom_line(aes(y = predicted + CI), color = "blue") + # upper
geom_line(aes(y = predicted - CI), color = "red") + # lower
theme_classic()
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红线和蓝线应与丝带的边缘相同。我究竟做错了什么?
正如 @Dason 的评论中所发表的,答案是 geom_smooth 使用 t 分布,而不是正态分布。
在我原来的问题中,qnorm(1 - (1-0.95)/2)用替换qt(1 - (1-0.95)/2, nrow(df))以使行匹配。