如何在 igraph 中设置 Louvain 模块化的分辨率参数？

Question

有没有办法在使用函数cluster_louvain检测igraph中的 R社区时设置分辨率参数？它对结果有很大影响，因为该参数与节点之间的层次差异有关。谢谢你。

Answer 1

最简单的方法是通过resolution此链接中提供的包https://github.com/analyxcompany/resolution

它基于这篇论文http://arxiv.org/pdf/0812.1770.pdf

它几乎有 2 个功能cluster_resolution()和cluster_resolution_RandomOrderFULL()。在这两种情况下，您都可以说明分辨率t以及您想要的重复次数rep。并且，您可以在函数中使用 igraph 对象。

cluster_resolution_RandomOrderFULL(g,t=0.5)
cluster_resolution_RandomOrderFULL(g,rep=20)

注意/编辑：它不会接受签名网络！我正在尝试联系代码的所有者或自己对其进行定制以使其适合签名网络。

编辑2：我能够将函数community_louvain.m从Matlab的Brain Connectivity Toolbox转换为R。

这是github链接signed_louvain()

你几乎可以直接输入 ex 。signed_louvain(g, gamma = 1, mod = 'modularity') 它使用 igraph 或矩阵对象作为输入。如果它具有负值，则必须选择mod = 'neg_sym'或'neg_asym'。