qcx*_*qcx 3 cytoscape cytoscape.js
在使用 Cytoscape.js 之前，我使用 Cytoscape 进行生物网络可视化。
\n\nCytoscape 能够使用其内部布局算法从我们的网络文件创建自动布局。布局放置非常合理——相互连接的节点放在附近，节点分布良好，中心节点放在每组节点的中心，这对生物网络来说非常有好处，因为有如此多的节点以及节点之间的如此多的连接。
\n\n现在我正在使用 Cytoscape.js。我希望 Cytoscape.js 自动创建一个类似于 Cytoscape 创建的布局。我尝试使用所有不同的布局选项（\xe2\x80\x9crandom\xe2\x80\x9d、\xe2\x80\x9cgrid\xe2\x80\x9d、\xe2\x80\x9ccose\xe2\x80\x9d、\xe2 \x80\x9ccircle\xe2\x80\x9d、\xe2\x80\x9cbreadthfirst\xe2\x80\x9d），但它们都没有创建像 Cytoscape 创建的布局。
\n\n我不知道为生物网络编写我们自己的布局放置算法（这是一件大事）。
\n\n但我们需要使用 Cytoscape.js 而不是 Cytoscape，因为我们需要将分子网络工作流程放在网站上（并在网站上可视化网络结果）。
\n\n所以我的问题是：我们如何让 Cytoscape.js 自动创建像 Cytoscape 创建的布局？
\n\n预先非常感谢您！
\nCytoscape 桌面可以做出许多库不能或不应该做的假设。如果您使用像 Cytoscape.js 这样的库，则需要为 Cytoscape 桌面可以做出假设的内容设置显式选项。
查看力导向布局。它们在文档中进行了描述，但我将在这里给出概述：
cose：内置，速度非常快，对文件大小影响很小，但需要相当精确地设置选项以获得良好的结果（例如）cose-bilkent：CoSE 算法的一个版本，具有更多增强功能，经过优化以适用于生物网络，速度稍慢，文件大小较大，无需太多或任何修补即可提供良好的结果（例如）cola：适用于大多数图表（例如）spread：快速，集群案例不希望启用第二阶段springy和arbor：基本，通常需要大量修补，即使修补结果也可能很差大多数布局不是内置的，因为 Cytoscape.js 是一个库。（当不是每个人都需要大文件时，强迫每个人都包含大文件是不公平的。）
欲了解更多信息，请参阅
| 归档时间： |
|
| 查看次数： |
6540 次 |
| 最近记录： |