R pheatmap：更改注释颜色并防止弹出图形窗口
Dan*_*Cee 6 r colors heatmap pheatmap
在回答了这个问题之后，我发现了pheatmap函数（与heatmap.2相比，它可以为我提供更多的控制权）。
我有两个问题：
1-我无法更改注释（类别）的颜色
2-即使我将输出保存在png文件中，图形窗口也会不断弹出
这是我的MWE：
library(pheatmap)
library(RColorBrewer)
cols <- colorRampPalette(brewer.pal(9, "Set1"))
mymat <- matrix(rexp(600, rate=.1), ncol=12)
colnames(mymat) <- c(rep("treatment_1", 3), rep("treatment_2", 3), rep("treatment_3", 3), rep("treatment_4", 3))
rownames(mymat) <- paste("gene", 1:dim(mymat)[1], sep="_")
annotdf <- data.frame(row.names = paste("gene", 1:dim(mymat)[1], sep="_"), category = c(rep("CATEGORY_1", 10), rep("CATEGORY_2", 10), rep("CATEGORY_3", 10), rep("CATEGORY_4", 10), rep("CATEGORY_5", 10)))
mycolors <- cols(length(unique(annotdf$category)))
names(mycolors) <- unique(annotdf$category)
mycolors <- list(mycolors = mycolors)
pheatmap(mymat,
color=greenred(75),
scale="row",
cluster_rows = FALSE,
cluster_cols = FALSE,
gaps_row=c(10,20,30,40),
gaps_col=c(3,6,9),
cellheight = 6,
cellwidth = 20,
border_color=NA,
fontsize_row = 6,
main="Genes grouped by categories",
filename = "TEST.png",
annotation_row = annotdf,
annotation_colors = mycolors
)
产生：
正如您所看到的，这些颜色显然不是我指定的Set1调色板，而是默认的作弊贴图颜色（删除annotation_colors行将得到相同的结果）。
所以我的问题是：如何在Pheatmap中指定注解颜色？
另一方面，即使将Pheatmap输出保存到png文件中，图形窗口也会不断弹出，如何防止这种情况发生？
谢谢！
> sessionInfo()
R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.1 LTS
locale:
[1] LC_CTYPE=en_SG.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_SG.UTF-8 LC_COLLATE=en_SG.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_SG.UTF-8 LC_MESSAGES=en_SG.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_SG.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_SG.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] gplots_3.0.1 RColorBrewer_1.1-2 pheatmap_1.0.8
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.3.1 colorspace_1.2-6 scales_0.4.0 plyr_1.8.3
[5] tools_3.3.1 gtable_0.2.0 Rcpp_0.12.7 KernSmooth_2.23-15
[9] gdata_2.17.0 grid_3.3.1 caTools_1.17.1 bitops_1.0-6
[13] munsell_0.4.3 gtools_3.5.0
要为更多类别获得更多颜色，您将需要使用其他调色板。有许多连续的调色板，使您可以超越12个调色板（例如使用RColorBrewer）。
如果您按原样在MWE中运行代码，则不应弹出R图形窗口。我运行了您的示例，并在不向控制台打开图形设备的情况下生成了所需的文件。
sessioInfo()如果您要比较以下是我的。我将尝试关闭所有设备（dev.off()，直到收到警告，提示您无法关闭空设备），然后运行热图代码以查看是否可以解决问题。我还将检查以确保您在当前正在使用的目录中具有写权限？？？正如@cuttlefish在其评论中所述，要获取自定义的行/颜色，以在颜色列表中显示名称，必须配合
colnames注释数据框的颜色。
超过12种颜色
mymat <- matrix(rexp(720, rate=.1), ncol=12)
colnames(mymat) <- c(rep("treatment_1", 3), rep("treatment_2", 3), rep("treatment_3", 3), rep("treatment_4", 3))
rownames(mymat) <- paste("gene", 1:dim(mymat)[1], sep="_")
annotdf <- data.frame(row.names = rownames(mymat),
category = rep(paste0("Category_", seq(12)), each=5) )
newCols <- colorRampPalette(grDevices::rainbow(length(unique(annotdf$category))))
mycolors <- newCols(length(unique(annotdf$category)))
names(mycolors) <- unique(annotdf$category)
mycolors <- list(category = mycolors)
pheatmap(mymat,
color=greenred(75),
scale="row",
cluster_rows = FALSE,
cluster_cols = FALSE,
gaps_row=c(5,10,15,20,25,30,35,40,45,50, 55),
gaps_col=c(3,6,9),
cellheight = 6,
cellwidth = 20,
border_color=NA,
fontsize_row = 6,
main="Genes grouped by categories",
filename = "TEST_12cat.png",
annotation_row = annotdf,
annotation_colors = mycolors
)
会话信息
R version 3.3.0 (2016-05-03)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.6 (El Capitan)
locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] pheatmap_1.0.8 RColorBrewer_1.1-2 gplots_3.0.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] colorspace_1.3-0 scales_0.4.1 colorRamps_2.3 plyr_1.8.4 tools_3.3.0
[6] gtable_0.2.0 Rcpp_0.12.7 KernSmooth_2.23-15 gdata_2.17.0 grid_3.3.0
[11] caTools_1.17.1 munsell_0.4.3 bitops_1.0-6 gtools_3.5.0