小编emi*_*an5的帖子

我已阅读了手册页?poly(我承认我并未完全理解),并且还阅读了" 统计学习简介"一书中对该功能的描述.

我目前的理解是,呼叫poly(horsepower, 2)应该等同于写作horsepower + I(horsepower^2).但是,这似乎与以下代码的输出相矛盾:

library(ISLR)

summary(lm(mpg~poly(horsepower,2), data=Auto))$coef

    #                       Estimate Std. Error   t value      Pr(>|t|)
    #(Intercept)            23.44592  0.2209163 106.13030 2.752212e-289
    #poly(horsepower, 2)1 -120.13774  4.3739206 -27.46683  4.169400e-93
    #poly(horsepower, 2)2   44.08953  4.3739206  10.08009  2.196340e-21

summary(lm(mpg~horsepower+I(horsepower^2), data=Auto))$coef

    #                    Estimate   Std. Error   t value      Pr(>|t|)
    #(Intercept)     56.900099702 1.8004268063  31.60367 1.740911e-109
    #horsepower      -0.466189630 0.0311246171 -14.97816  2.289429e-40
    #I(horsepower^2)  0.001230536 0.0001220759  10.08009  2.196340e-21

我的问题是,为什么输出不匹配,poly真正做的是什么？

我试图取代两个"st." 和"ste." 用"st".似乎以下应该可以工作,但它不会:

require("stringr")
county <- c("st. landry", "ste. geneveve", "st. louis")
str_replace_all(county, c("st\\.", "ste\\."), "st")

摘要

我有一个基于Python的网络抓取宠物项目,我正在尝试实现一些TDD,但我很快就遇到了问题.单元测试需要互联网连接,以及下载html文本.虽然我知道实际的解析可以使用本地文件完成,但是一些方法用于简单地重新定义URL并再次查询网站.这似乎打破了TDD的一些最佳实践(引用:罗伯特·马丁的清洁代码声称测试应该在任何环境中都可以运行).虽然这是一个Python项目,但我遇到了一个类似的问题,使用R进行Yahoo Finance抓取,我确信这种事情与语言无关.至少,这个问题似乎违反了TDD的主要指导原则,即测试应该快速运行.

tldr; 在TDD中是否有处理网络连接的最佳实践？

可重复的例子

AbstractScraper.py

from urllib.request import urlopen
from bs4 import BeautifulSoup


class AbstractScraper:

    def __init__(self, url):
        self.url = url
        self.dataDictionary = None

    def makeDataDictionary(self):
        html = urlopen(self.url)
        text = html.read().decode("utf-8")
        soup = BeautifulSoup(text, "lxml")
        self.dataDictionary = {"html": html, "text": text, "soup": soup}

    def writeSoup(self, path):
        with open(path, "w") as outfile:
            outfile.write(self.dataDictionary["soup"].prettify())

TestAbstractScraper.py

import unittest
from http.client import HTTPResponse
from bs4 import BeautifulSoup
from CrackedScrapeProject.scrape.AbstractScraper import AbstractScraper
from io import StringIO


class TestAbstractScraperMethods(unittest.TestCase): …

我有一个看起来像的数据框：

   from   to  value sourceID targetID clustid
1  1400 1413 0.6846  3055586  3060697       1
2   323  661 0.5550  1596205   724084       1
3   323 1411 0.6817   724084  3060607       1
4  1413 1411 0.6729  3060697  3060607       1
5  1498 1411 0.6381  3111960  3060607       1
6  1478 1415 0.7423  3062164  3099199       2
7  1478 1414 0.7423  3099199  3062163       2
8  1415 1462 0.7078  3090708  3062164       2
9  1415 1463 0.7078  3062164  3090709       2
10 1462 1404 0.7078  3090708  3058341       2
11 1418  278 …

所以我使用all_shortest_paths来获取输出，如下所示：

PathsE

$res[[1]]
+ 4/990 vertices, named:
[1] Sortilin  GGA1      Ubiquitin PIMT     

$res[[2]]
+ 4/990 vertices, named:
[1] Sortilin TrkA     PLK1     PIMT    

$res[[3]]
+ 4/990 vertices, named:
[1] Sortilin APP      JAB1     PIMT  

我想将其转换为数据框，以便可以对其进行操作。作为参考，我希望数据框看起来像这样：

                  Prot1      Prot2   Prot3   Prot4
         Pathway1 Sortilin   GGA1    PLK1    PIMT
         Pathway2 Sortilin   TrkA    PLK1    PIMT 
         Pathway3 Sortilin   APP     JAB1    PIMT               

*我知道如何更改
我尝试过的轴名称

PathsDF<-as.data.frame(PathsE)

但是我得到这个错误：

as.data.frame.default（x [[i]]，可选= TRUE）中的错误：无法将类“ igraph.vs”强制转换为data.frame

我也试过这个：

PathDF <- as.data.frame(get.edgelist(PathsE))

但是我得到这个错误

get.edgelist（PathsE）中的错误：不是图形对象

当我使用检查数据结构时

class(PathsEF)

它说这是一个清单。但是当我使用

str(PathsE)

它看起来像这样：

..$ :Class 'igraph.vs'  atomic [1:4] 338 204 40 913 …

我正在使用 R 中的 bnlearn 包来训练贝叶斯网络。我在使用以下代码时遇到了麻烦（稍微修改了 bnlearn 示例代码）：

library(bnlearn)
data(learning.test)
fitted = bn.fit(hc(learning.test), learning.test)

myfuncBN=function(){

  var = names(learning.test)
  obs = 2
  str = paste("(", names(learning.test)[-3], "=='",
          sapply(learning.test[obs,-3], as.character), "')",
          sep = "", collapse = " & ")
  str2 = paste("(", names(learning.test)[3], "=='",
           as.character(learning.test[obs, 3]), "')", sep = "")
  cpquery(fitted, eval(parse(text = str2)), eval(parse(text = str)))
}

myfuncBN()

此代码引发错误：

结束时出错：无法将类型“闭包”强制转换为“字符”类型的向量

但是，如果 str 和 str2 是在函数 myfuncBN() 之外定义的，则它有效。有谁知道这是什么原因？

我正在尝试使用R中的树状图制作一个热图。我还试图将其设置为使颜色矩阵位于热图的底部。我知道我必须为此更改lmat的值。到目前为止，对于lmat我有类似的东西。

 lmat=rbind(c(0,3,0), c(2,1,0), c(0,4,0)).

运行它后，它要求我更新lhei和lwid值。查看文档后，我了解到这些是列宽和行高的向量。但我不了解它们的值需要多个值。例如，当我设置this时，出现此错误。

  lhei must have length = nrow(lmat) = 3

我不确定lhei的三个值对应什么。这就引出了一个更广泛的问题，lhei和lwid向量中的每个值对应什么？