Snakemake 中规则的重用

Question

有没有办法在snakemake中重用规则，仅更改params？

例如：

rule job1:
    ...
    params:
        reference = "path/to/ref1"
    ...

rule job2:
    input: rules.job1.output
    ...
    params:
        reference = "path/to/ref2"

job1和job2规则正在做同样的事情，但我需要连续调用它们并且reference必须修改参数。它为非常相似的任务生成大量代码。

我尝试为这一步制作一个子工作流程，并且主 Snakefile 更具可读性。然而，子工作流程代码仍然重复。

有什么想法或建议吗？我错过了什么？

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更具体地说，job2 必须在 job1 之后执行，使用后者的输出。

Answer 1

如果规则相同，您可以在输出文件的命名中使用通配符。这样，相同的规则将被执行两次：

references = ["ref1", "ref2"]

rule all:
  input: expand("my_output_{ref}", ref=references)

rule job:
    input: "my_input"
    output: "my_output_{ref}"
    params: ref = "path/to/{ref}"
    shell: "... {params.ref} {output}"

希望这会有所帮助，如果没有，您能否让您的问题更具体一些？

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好的，可以使用 python 函数为规则定义自定义输入。也许你可以朝这个方向发展。请参阅此工作示例：

references = ["ref1", "ref2"]

rule all:
  input: expand("my_output_{ref}", ref=references)


def rule_input(wildcards):
    if (wildcards.ref == "ref1"):
        input = "my_first_input"
    elif (wildcards.ref == "ref2"):
        input = "my_output_ref1"
    return(input)

rule job:
    input: rule_input
    output: "my_output_{ref}"
    params: ref = "path/to/{ref}"
    shell: "echo input: {input} ; echo output: {output} ; touch {output}"