如何在 GitHub 上保存代码文件并在 Jupyter Notebook 上运行？

Question

使用 GitHub，我们可以在线存储我们的代码，而使用 Jupyter notebook，我们只能执行一部分 Python 代码。我想一起使用它们。我可以使用存储在我计算机上的 Jupyter notebook 编辑代码。但是，我找不到运行存储在 GitHub 上的代码的方法。那么，你知道一种方法吗？

以下是一些示例：https : //github.com/biolab/ipynb/blob/master/2015-bi/lcs.ipynb https://github.com/julienr/ipynb_playground/blob/master/misc_ml/curse_Dimensionity.ipynb https ://github.com/rvuduc/cse6040-ipynbs/blob/master/01--intro-py.ipynb

Answer 1

1. 如果您只想运行托管在 Github 或 Gist 中的 Python 代码：

IPython Magic 命令%load，如此处的提示#8所述，将使用外部脚本替换 Jupyter 笔记本单元格的内容。

源可以是您计算机上的文件或 URL。
使用 Github 或 Gist 托管脚本的技巧是将其指向原始代码的 URL。您可以通过浏览 GitHub 或 gist.github.com 上的脚本并按Raw代码正上方的工具栏中的来获取原始代码的 URL。将您从地址栏中提取的内容放在后面%load 以获取类似以下内容的内容：

%load https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py

当您在 Jupyter Notebook 单元中执行代码时，这会将代码拉入 Notebook 的命名空间。
更多关于通过GitHub的或要旨使用原始代码在这里和这里。可以在此处找到有关其他魔法命令的更多信息。

同样，如果您想将脚本作为文件引入，您可以使用%run（或从等效的命令行）curl在笔记本中调用，在笔记本单元中使用，脚本将被添加到当前目录中。

!curl -O https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py

然后，您将在 Jupyter 笔记本中运行该脚本，并在单元格中包含以下内容：

%load https://raw.githubusercontent.com/dib-lab/khmer/master/scripts/fastq-to-fasta.py

在脚本名称后为脚本提供任何必要的参数。通常，您可以运行%run <script_name> --help以获取有关脚本所需参数的信息。%run在 notebook 中使用可提供更全功能的 Jupyter 体验；使用 %run 在 Jupyter notebook 中运行脚本类似于在命令行上运行脚本的传统方式。

2.如果你想运行一个放在GitHub上的notebook：

或者，如果您希望其他人能够轻松运行该笔记本。在此处
查看这篇 Nature 文章中重点介绍的MyBinder.org。可以在此处、此处和此处找到有关该服务的更多信息。

在 MyBinder.org 页面上，您可以将该服务指向任何 Github 存储库。但需要注意的是，除非它是笔记本中相当普通的 python，否则您会遇到依赖性问题。您可以按照此处和此处的指导对其进行设置以解决该问题。在我分叉了一个最初未设置为使用 Binder 系统的存储库之后
，这样做是为了生成这个可启动的存储库。另一个例子，这个 R 代码，基于Twitter 交流上共享的要点，可以在这里看到。

使用它，您可以获得一个Launch Binder徽章，您可以将其添加到您的存储库并随时启动它。查看您可以在此处启动的示例。