在H5PY中打开文件时出错(未找到文件签名)

Question

我一直在使用以下代码来打开一些HDF5文件,在MATLAB中使用H5PY在python中生成:

import h5py as h5
data='dataset.mat'
f=h5.File(data, 'r')

但是我收到以下错误:

OSError: Unable to open file (File signature not found)

我已经检查过我要打开的文件是版本7.3 MAT文件并且是HDF5格式.事实上,我之前使用H5PY成功打开了相同的文件.我已经确认文件存在且可访问,因此我不确定错误的来源.任何建议将不胜感激,提前感谢:)

Answer 1

我的 .h5 文件也面临同样的问题。问题是我没有正确下载 .h5 文件。

我正在执行 filename.h5->right_click->save link as，这没有正确下载文件（或者可能是文件已损坏）。我没有这样做，而是将文件下载为：选中带有 filename.h5 的复选框，然后单击下载，之后我的代码就开始工作了。

也许这可以帮助那些犯同样错误的人。

Answer 2

通常，该消息File signature not found指示：

1.您的文件已损坏。

我认为是最有可能的。您说过您已经打开过文件。也许您忘了关闭可能损坏文件的文件句柄。尝试使用HDF5实用程序检查文件h5debug（如果已在操作系统上安装了hdf5 lib，则可在命令行上找到，请dpkg -s libhdf5-dev在Linux上进行检查）。

2.该文件不是HDF5格式。

这是您的错误消息的已知原因。但是，既然您说了确定，就是这种情况，并且您之前已经打开过文件，所以我仅供参考，以供其他可能会在这里绊倒的人参考：

自2015年12月（从7.3版开始），Matlab文件在其MAT文件第5级容器中使用基于HDF5的格式（更多doc）。该scipy库支持较早版本的MAT文件（v4（1.0版），v6和v7至7.2）：

import scipy.io
f = scipy.io.loadmat('dataset.mat')

否则，您可以尝试其他方法，看看错误是否仍然存在：

PyTables是h5py的替代方法，可在此处找到。

import tables
file = tables.open_file('test.mat')

使用安装

pip install tables

如果已安装matlab，则Python MATLAB Engine是读取MAT文件的替代方法。可在此处找到文档：适用于Python的MATLAB Engine API。

import matlab.engine
mat = matlab.engine.start_matlab()
f = mat.load("dataset.mat", nargout=1)