在python中使用pdist(),并使用您定义的自定义距离函数

Question

我一直对scipy.spatial.distance.pdist(...)python的使用感兴趣,这对我一直在研究的一些应用程序来说非常有用和快速.

我需要使用成对距离函数,它是自定义的而不是由度量定义的标准默认距离度量.让我们举一个简单的例子,假设我不想使用euclidean距离函数,如下所示:

 Y = pdist(X, 'euclidean')

相反,我想自己定义欧几里德函数并将其作为函数或参数传递给pdist().如何将euclidean距离函数的实现传递给此函数以获得完全相同的结果.这个问题的答案将帮助我以我感兴趣的方式使用该功能.

在MATLAB中,我知道如何在python中使用`pdist()',我还没有.谢谢你的建议

Answer 1

文档中pdist有一个示例:

import numpy as np
from scipy.spatial.distance import pdist

dm = pdist(X, lambda u, v: np.sqrt(((u-v)**2).sum()))

如果你想使用常规函数而不是lambda函数,则相当于

import numpy as np
from scipy.spatial.distance import pdist

def dfun(u, v):
    return np.sqrt(((u-v)**2).sum())

dm = pdist(X, dfun)