重叠yticklabels:是否可以控制seaborn中热图的单元尺寸？

Question

我有一个包含大约200个观测值的数据集,我想将其绘制为热图.每个观察都有一个与之关联的字符串,我想显示它.我的问题是我无法读取这些标签,因为它们相互重叠.因此,我的问题是,是否可以某种方式将热图的单元格大小设置为字体大小yticklabel或是否有任何其他解决方法.

在下面的示例中,我使用随机数据进行说明:

import seaborn as sns
import numpy as np
data = np.random.rand(200, 10)
ax = sns.heatmap(data)
for item in ax.get_yticklabels():
    item.set_rotation(0)

这给了我:

有没有办法让这些yticklabels可读？在理想的情况下,我会有一个选项,允许我将单元格的高度设置为的字体大小yticklabels.那可能吗？

编辑:

正如评论中所提到的,一种可能性是增加数字的大小.我试过如下:

import seaborn as sns
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

data = np.random.rand(200, 10)

fig, ax = plt.subplots()
fig.set_size_inches(38.5, 10.5)

ax2 = sns.heatmap(data, ax=ax)
for item in ax2.get_yticklabels():
    item.set_rotation(0)

这给了我相同的输出.我正确使用它吗？

Answer 1

为标签腾出更多空间的唯一方法是增加矩阵的高度.唯一的另一种选择是减小字体大小,但我猜这不是你想要的.因此,您可以根据矩阵中的行数和标签的字体大小计算理想的图形高度.保存结果图时,您将获得预期结果.您在调用时看到的GUI窗口的高度似乎plt.show()仅限于屏幕高度:

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns

# create some random data
data = np.random.rand(150, 10)

# get the tick label font size
fontsize_pt = plt.rcParams['ytick.labelsize']
dpi = 72.27

# comput the matrix height in points and inches
matrix_height_pt = fontsize_pt * data.shape[0]
matrix_height_in = matrix_height_pt / dpi

# compute the required figure height 
top_margin = 0.04  # in percentage of the figure height
bottom_margin = 0.04 # in percentage of the figure height
figure_height = matrix_height_in / (1 - top_margin - bottom_margin)


# build the figure instance with the desired height
fig, ax = plt.subplots(
        figsize=(6,figure_height), 
        gridspec_kw=dict(top=1-top_margin, bottom=bottom_margin))

# let seaborn do it's thing
ax = sns.heatmap(data, ax=ax)

# save the figure
plt.savefig('/tmp/test.png')

结果: