我遇到了同样的问题，并找到了如何在这种环境下删除不需要的分支：XCODE 7.3 (7D175) 并使用 CocoaPods 生成“.xcworkspace”文件。
以下步骤是查找和删除分支的方法： 1. 找到“MyApplication.xcworkspace”文件。2. 例如使用 TextWrangler 打开此文件（必须在所选编辑器中完成以下步骤）。3. 您应该看到两个文件夹：“xcshareddata”和“xcuserdata”。展开“xcshareddata”。4. 选择并打开“MyApplication.xcsmblueprint”文件。
现在，您应该看到一些写入要删除的分支的行。记下“DVTSourceControlWorkspaceBlueprintIdentifierKey”部分中的 ID，然后选择它出现的所有行，以便同时删除它们。这些行位于某种字典中。
在 XCODE 中打开您的项目，您将不会再在“源代码管理”菜单中看到不需要的分支。
添加说明
@穆图·塞尔瓦姆：
在“.xcscmblueprint”文件中，查看标题为“DVTSourceControlWorkspaceBlueprintWorkingCopyPathsKey”的字典（第 12 行）。您注意到有 3 个 Id 作为键，名称作为值。在这里，这意味着您显然有 3 个不同的分支，并且其中两个具有相同的名称（奇怪？？？）。
现在，如果您查看标题为“DVTSourceControlWorkspaceBlueprintRemoteRepositoriesKey”的字典数组（第 20 行），您的 3 个分支中的每一个都在专用字典中进行了深入描述。在这里您可以看到要保留的和必须删除的（查看每个字典中的“DVTSourceControlWorkspaceBlueprintRemoteRepositoryURLKey”）。
选择要删除的 2 个分支的 ID 后，查看标题为“DVTSourceControlWorkspaceBlueprintWorkingCopyStatesKey”的字典（第 6 行）并删除 2 个不需要的行，包括 2 个不需要的 ID。
与标题字典“DVTSourceControlWorkspaceBlueprintWorkingCopyPathsKey”（第 12 行）中的步骤 3 相同。
最后但并非最不重要的一点是，删除标题数组“DVTSourceControlWorkspaceBlueprintRemoteRepositoriesKey”（第 20 行）中的全部 2 个字典。
它应该有效。:o)