我想将一个字符串添加到 qsub 命令的 PATH 环境变量中。编辑 .sh 文件不是一个选项，因为它是在管道内生成并运行的（我可以编辑 qsub 命令选项）。
我正在运行以下 qsub 命令：
qsub -pe 插槽 16 -S /bin/bash -cwd -N "管道" -jy -o /home/user/log/out.log /home/user/pipeline/runthis.sh
我需要将以下 PATH 环境变量添加到正在运行的 shell 中：
/home/用户/jre1.8.0_66/bin
（这是因为该脚本依赖于比集群上更新版本的 java）。
我尝试了以下方法：
qsub -pe 插槽 16 -S /bin/bash -cwd -N "管道" -jy -o /home/user/log/out.log /home/user/pipeline/runthis.sh -v PATH=/home/pa354 /jre1.8.0_66/bin:$PATH -V
这不起作用，我将“env”添加到正在运行的bash文件中（以检查环境变量），但尚未添加我所需的路径。
您需要-v在qsub命令中使用：
qsub -v JAVA_HOME ...
这会将环境变量从调用环境传递到生成的作业中。
请注意， 的-v参数qsub必须位于您在远程节点上运行的实际命令的参数之前。您似乎已经在整个命令行的末尾尝试过它，但这是行不通的。