使用 mpi4py 配置并行化 python 脚本

Question

我有一个名为 main_parallel.py的python脚本mpi4py。我可以使用time表单来测量时间，cli但是，如何制作类似于 cProfile 的配置文件？我喜欢看到代码每个部分的调用次数。我不能使用 cProfile 因为它仅用于串行代码。

谢谢！

Answer 1

为什么不能使用cprofile？你有没有尝试过？

对于 MPICH，我是这样运行的：

$ mpiexec -l -np 4 python -m cProfile ./simple-io.py doodad 

这给了我 4 组输出，但“-l”参数在每一位输出前面列出了 MPI 等级。注意：“-l”参数是 MPICH 特定的。OpenMPI 使用--tag-output. 其他实现可能会使用其他东西。

我看到 cprofile 可以采用文件名参数。制作每个等级的输出文件，然后使用统计信息对其进行处理

% python 
Python 2.7.10 (default, Oct 14 2015, 16:09:02) 
[GCC 5.2.1 20151010] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import pstats
>>> pstats.Stats("simple-io.cprofile").sort_stats('cumulative').print_stats()

给了我很多 cprofile 信息...但是我的玩具程序太小了，无法给我任何有用的东西。

Answer 2

正如Rob Latham所说，您可以使用 cProfile。您可以将每个进程的输出保存在不同的文件中。如果你想分析一个函数，你可以使用这样的装饰器：

from mpi4py import MPI
import cProfile

def profile(filename=None, comm=MPI.COMM_WORLD):
  def prof_decorator(f):
    def wrap_f(*args, **kwargs):
      pr = cProfile.Profile()
      pr.enable()
      result = f(*args, **kwargs)
      pr.disable()

      if filename is None:
        pr.print_stats()
      else:
        filename_r = filename + ".{}".format(comm.rank)
        pr.dump_stats(filename_r)

      return result
    return wrap_f
  return prof_decorator

@profile(filename="profile_out")
def my_function():
  # do something

每个进程的输出可以使用snakeviz可视化