将我的Shell脚本的输出组织到文本文件内的表中

Question

我正在使用unix shell脚本进行基因组构建，然后创建系统发育。根据您使用的基因组组装器，最终输出（系统发育）可能会发生变化。我希望比较使用各种基因组组装器的效果。我已经制定了一些指标进行比较，但是我需要组织它们的帮助，这样我才能进行有用的分析。我想在列中将数据导入excel。

这是我用来输出数据的脚本：

echo "Enter the size (Mb or Gb) of your data set:"
read SIZEOFDATASET
echo "The size of your data set is $SIZEOFDATASET"
echo "Size of Data Set:" >> metrics_file.txt 
echo $SIZEOFDATASET >> metrics_file.txt

echo "Enter the name of your assembler"
read NAMEOFASSEMBLER
echo "You are using $NAMEOFASSEMBLER as your assembler"
echo "Name of Assembler:" >> metrics_file.txt 
echo "$NAMEOFASSEMBLER" >> metrics_file.txt
echo "Time:" >> metrics_file.txt

输出结果如下所示：

Size of Data Set:
387 Mb
Name of Assembler:
Velvet
Genome Size:
1745690
Time:

我希望它看起来像这样：

提前致谢！

Answer 1

#!/bin/sh

in_file=in.txt      # Input file
params=3            # Parameters count
res_file=$(mktemp)  # Temporary file
sep=' '             # Separator character

# Print header
cnt=0
for i in $(cat $in_file | head -$((params*2))); do
    if [ $((cnt % 2)) -eq 0 ]; then
        echo $i
    fi
    cnt=$((cnt+1))
done | sed ":a;N;\$!ba;s/\n/$sep/g" >>$res_file

# Parse and print values
cnt=0
for i in $(cat $in_file); do
    # Print values, skip param names
    if [ $((cnt % 2)) -eq 1 ]; then
        echo -n $i >>$res_file
    fi

    if [ $(((cnt+1) % (params*2))) -eq 0 ]; then
        # Values line is finished, print newline
        echo >>$res_file
    elif [ $((cnt % 2)) -eq 1 ]; then
        # More values expected to be printed on this line
        echo -n "$sep" >>$res_file
    fi

    cnt=$((cnt+1))
done

# Make nice table format
cat $res_file | column -t
rm -f $res_file

说明

该脚本假定：

• 输入文件称为“ in.txt”（请参阅in_file变量）
• 输入文件使用您所描述的格式
• 结果表应具有3列（请参阅params变量）

大多数代码只是解析您的输入数据格式。实际的列格式由column工具完成。

如果要将此表导出为ex​​cel，只需将sep变量更改为','并将结果输出保存到.csv文件。此文件可以轻松导入excel应用程序。

例

输入文件：

Size
387
Name
Velvet
Time
13
Size
31415
Name
Minia
Time
18
Size
31337
Name
ABCDEF
Time
42

脚本输出：

Size   Name    Time
387    Velvet  13
31415  Minia   18
31337  ABCDEF  42