安装目录不可写,无法更新软件包'boot','class','KernSmooth','mgcv','nnet','rpart','spatial'

Question

我在Ubuntu 14.04上的R版本3.1.2上安装了Bioconductor软件包,并收到以下消息:

下载的源包位于'/ tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_pa​​ckages'警告消息:已安装的目录不可写,无法更新软件包'boot','class','KernSmooth','mgcv','nnet','rpart','空间"

这是什么意思,它如何影响在R上使用上述软件包？

Answer 1

我在R-studio工作时面临同样的问题.解决方案是提供对R的root访问权限.

在Windows中,这意味着您需要以管理员身份运行该程序.

在Unix/Linux上,你应该这样做从终端启动[R sudo R.

然后,一旦你以足够的权限运行,你可以尝试安装你的包,它应该工作.

Answer 2

警告意味着可以使用列出的软件包的更新版本,但无法更新您的版本,因为无法写入安装软件包的目录.通常这意味着R安装了"系统管理员"权限,但您尝试以普通用户身份更新包.

结果是,您无法使用更新的软件包中实现的功能或错误修复.具体后果可能包括手册上的小型印刷更正,以及严重的错误修复.定性地说,我的赌注是它对大多数用途"无关紧要".

解决方案是在运行R作为具有写入已安装目录中的软件包的权限的用户时更新这些软件包 - 通常是输出的最后一个元素.libPaths(),或者更细粒度的通过installed.packages()[, "LibPath"]

Answer 3

今天我在 Windows 下安装三个 Bioconductor 软件包时遇到了同样的问题。两个（我真正想要的包的依赖项）已经以较新的形式存在于我的系统上（如 @Martin-Morgan 解决方案中所述），因此无需采取任何操作。然而，没有安装一个。对于第三个包，我成功地从安装失败期间下载的本地文件进行了安装，而无需升级权限（这是@Ninadmw 概述的我的下一步）。

在 R 中，转到菜单Packages/Install Package(s) from local files并导航到列出的本地下载目录（在您的情况下为 ）/tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages，然后选择要安装的包。

在 RStudio（您应该使用）中，转到菜单Tools\Install Packages，将安装字段更改为Package Archive File (.zip; .tar.gz)，使用Browse...导航到列出的下载目录（在您的情况下是）/tmp/RtmpZYw0Qp/downloaded_packages，然后选择要安装的包。然后单击按钮Install。