ggplot2 中的四分位距

Question

set.seed(42)
DF <- data.frame(bias=rnorm(2700),cnd=1:27)
DF$cnd <- factor(DF$cnd)

试图理解在 ggplot 中的 medium_hilow 的使用。我希望找到一种绘制上下四分位距的方法。但是我在任何地方都找不到“fun.data=median_hilow”的完整解释。即使我认为它正在做正确的事情。是否有关于此函数的完整文档来检查它是如何绘制 IQR 的？

library(ggplot2)
ggplot(DF,aes(x=cnd,y=bias,colour=cnd)) + 
  stat_summary(fun.data=median_hilow)

Answer 1

median_hilow只是smedian_hilow来自包装的Hmisc包装。

从文档smean / smedian的从功能基团Hmisc。

根据@BondedDust 下面的评论，您需要Hmisc事先安装该软件包。

（类型?smedian_hilow和?median_hilow）：

提供了许多统计汇总函数与 summary.formula 和汇总（以及 tapply 和它们本身）一起使用。smean.cl.normal 计算 3 个汇总变量：样本均值以及基于 t 分布的高斯置信上下限。smean.sd 计算平均值和标准偏差。smean.sdl 计算平均值加上或减去一个常数乘以标准偏差。smean.cl.boot 是基本非参数引导程序的一种非常快速的实现，用于在不假设正态性的情况下获得总体均值的置信限。这些函数都会自动删除 NA。smedian.hilow 计算样本中位数和具有相等尾部面积的选定的一对外部分位数。

的smedian.hilow计算值和根据一个置信区间降低和上四分位数。举个例子：

x <- rnorm(100)

> smedian.hilow(x, conf.int=.5)  # 25th and 75th percentiles
     Median       Lower       Upper 
 0.02036472 -0.76198947  0.71190404 

您可以查看@BondedDust 的答案，了解如何使用该ggplot2函数实现这一点。

Answer 2

如果您想要 IQR，那么您不想要median_hilow，至少在其默认值下，因为它提供低值作为第 2.5 个百分位数和高值作为第 97.5 个百分位数。（IQR 将是第 25 位和第 75 位。）

> smedian.hilow(1:100)
Median  Lower  Upper 
50.500  3.475 97.525 

您可以使用 conf.int 的 0.5 以这种方式将conf.int-parameter传递给Hmisc::smedian.hilow-function，这将为您提供四分位间距，因为（如 Hmisc 帮助页面所述）" smedian.hilow computes the sample median and a selected pair of outer quantiles having equal tail areas."：

ggplot(DF,aes(x=cnd,y=bias,colour=cnd)) + 
   stat_summary(fun.data=median_hilow, conf.int=.5)