R EnvironmentError:在路径上找不到Ghostscript.RWebLogo

Question

我碰到了一个奇怪的问题,我无法以任何方式解决这个问题,我希望有人能够更好地理解这些错误;

我无法使用RWebLogo包 - 甚至运行最简单的示例,因为同样缺少Ghostscript错误.

例如跑步:

library(RWebLogo)
aln <- c('CCAACCCAA', 'CCAACCCTA', 'AAAGCCTGA', 'TGAACCGGA')
weblogo(seqs=aln, file.out='mylogo.pdf')

抛出此错误:

Traceback (most recent call last):
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo", line 71, in <module>
    weblogolib._cli.main()
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/_cli.py", line 82, in main
    formatter(data, format, opts.fout)
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 757, in pdf_formatter
    gs = GhostscriptAPI()    
  File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogolib/__init__.py", line 196, in __init__
    raise EnvironmentError("Could not find Ghostscript on path."
EnvironmentError: Could not find Ghostscript on path. There should be either a gs executable or a gswin32c.exe on your system's path

我在终端中安装了ghostscript ver 9.15 with configure/make/install,然后将PATH添加到bash配置文件并执行它.当我在终端中运行gs时,它可以工作,确认它已设置为系统路径,但仍然会出现相同的错误.即使重启后也是如此.

我尝试将gs直接添加到R中的环境中:

Sys.setenv(R_GSCMD = "/Applications/ghostscript-9.15/bin/gs")

这也没有帮助...给出完全相同的错误.当我搜索R环境时,它显示gs在那里.

重要版本信息:

MAC: OS Yosemite 10.10.1;
R version 3.1.1 (2014-07-10);
Platform: x86_64-apple-darwin10.8.0 (64-bit); 
RWebLogo_1.0.3

您是否知道可能导致此问题的任何问题？我是编程的新手,所以我担心我可能会遗漏一些基本的东西.我会很感激任何建议.谢谢!

Answer 1

我已经与 RWebLogo 的作者 Omar 取得了联系，他在查明我的问题并解决问题方面非常有帮助。

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首先，他建议在终端上的测试序列上运行 RWebLogo：\n /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/RWebLogo/extdata/weblogo-3.3/weblogo -f test_seqs.txt - o ~/Desktop/out.pdf -F pdf

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将上面脚本的基本目录（extdata/weblogo \xe2\x80\xa6 之前的所有内容）更改为以下命令在 R 中为您提供的内容：

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system.file(package = \'RWebLogo\')\n

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我运行它并得到一个新错误：缺少 numpy. 我实际上安装了 numpy 但没有完整的用户权限。重新安装 numpy 后，RWebLogo 已成功从终端运行。

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尽管如此，RStudio 仍然抛出 GhostScript 错误。Omar 表示在 Yosemite 上运行旧版本的 RStudio 存在问题（我目前使用的是 10.10.1），并向我发送了更新的 RStudio 版本的链接，该版本已修复该问题。

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http://www.r-bloggers.com/r-and-rstudio-incompatibility-with-yosemite-mac-os-x-10-10/

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我得到了更新的 RStudio，现在一切都运行良好。希望这可以帮助遇到类似问题的人！

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