随时间变化的重叠间隔数

Question

假设我有一组部分重叠的间隔

require(lubridate)
date1 <- as.POSIXct("2000-03-08 01:59:59")
date2 <- as.POSIXct("2001-02-29 12:00:00")
date3 <- as.POSIXct("1999-03-08 01:59:59")
date4 <- as.POSIXct("2002-02-29 12:00:00")
date5 <- as.POSIXct("2000-03-08 01:59:59")
date6 <- as.POSIXct("2004-02-29 12:00:00")
int1 <- new_interval(date1, date2)
int2 <- new_interval(date3, date4)
int3 <- new_interval(date5, date6)

有没有人知道如何构建一个时间序列图,为每个时间点提供该点重叠间隔的数量？

因此,例如,采用上面的例子:对于2000年1月的给定日期,我正在寻找的函数将返回值"1"(日期仅在其中int2),而对于2001年1月的日期,它将返回"3"(因为该日期在int1,int2并且int3).等等.

有任何想法吗？

Answer 1

这是foverlaps()使用data.table包的函数的一种方式:

请按照安装说明安装开发版本1.9.5,因为修复了影响数字类型重叠连接的错误.

require(data.table) ## 1.9.5+
intervals = data.table(start = c(date1, date3, date5), 
                       end   = c(date2, date4, date6))

# assuming your query is:
query = as.POSIXct(c("2000-01-01 00:00:00", "2001-01-01 00:00:00"))

我们还将构建包含开始和结束间隔的查询data.table:

querydt = data.table(start=query, end=query) # identical start,end

然后我们可以使用foverlaps()如下:

setkeyv(intervals, c("start", "end"))
ans = foverlaps(querydt, intervals, which=TRUE, nomatch=0L, type="within")
#    xid yid
# 1:   1   1
# 2:   2   1
# 3:   2   2
# 4:   2   3

我们首先设置密钥 - intervals按提供的顺序对data.table 进行排序,并将这些列标记为我们要执行重叠连接的关键列.

然后我们foverlaps()用来找出querydt重叠的区间(瀑布类型=内)intervals.在这种情况下,querydt由起点和终点组成的点相同.这将返回所有匹配的索引(nomatch = 0L删除所有没有匹配的行,并且= TRUE返回索引而不是合并结果),这些行querydt落入其中intervals.

现在我们所要做的就是聚合xid并计算观察次数以获得计数:

ans[, .N, by=xid]
#    xid N
# 1:   1 1
# 2:   2 3

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