为什么我不能在 R 中调用在我的终端中明确工作的系统函数？

Question

我正在尝试在 R 中调用系统函数。我使用的是 mac。如果我传递一个内置函数（例如 ln），它就没有问题：

command <- "ls"
cat(command, "\n")
try(system(command))

我得到一个目录列表。

但是，如果我从第三方安装函数（例如二进制文件），它就不起作用（即使它在终端中起作用）。

command <- "bedtools ..."
cat(command, "\n")
try(system(command))

我收到以下错误：

sh: bedtool..:command not found

你认为这是一个PATH问题吗？

谢谢！

Answer 1

确信您“安装”了该命令（它存在于某处的垃圾箱中）并在阅读您的评论后：

如果我打开函数二进制文件所在的 RStudio（例如 open -a RStudio），则它工作没有问题。

我猜这确实是一个 PATH 问题。一个可能的修复方法是：

Sys.setenv(PATH=paste(Sys.getenv("PATH"), "/the/bin/folder/of/bedtools", sep=":"))

Answer 2

您的床具保存在哪里？即输出是什么

which bedtools

如果它不在你的

usr/bin

然后系统命令给出该错误。将 betools 保存在那里，它应该可以工作。

从系统帮助文件中它建议尝试

Sys.which

首先在 shell 中输入命令，看看它是否能在系统中运行。